PDB-7bfc: Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated,

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bfc

タイトル

Circular permutant of ribosomal protein S6, P54-55 truncated,

要素

30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / Circular permutant / native stacking / / designed amyloid fibril

機能・相同性

機能・相同性情報

small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Circular permutant of ribosomal protein S6
著者: Wang, H. / Logan, D.T. / Oliveberg, M.

履歴

登録	2021年1月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bfc.cif.gz	495.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bfc.ent.gz	415.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bfc_validation.pdf.gz	530.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bfc_full_validation.pdf.gz	560.9 KB	表示
XML形式データ	7bfc_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	7bfc_validation.cif.gz	64.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bfdC 7bfeC 7bffC 7bfgC 1risS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

C: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

N: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

B: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

M: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

A: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

D: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

E: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

I: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

G: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

H: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

J: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

K: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

L: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

F: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

142 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

B: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

A: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

D: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

E: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

G: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

F: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

登録者が定義した集合体
根拠: microscopy
70.9 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

N: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

M: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

I: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

H: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

J: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

K: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

L: 30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6

登録者が定義した集合体
70.9 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.381, 73.582, 115.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.980, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	30S ribosomal protein S6,30S ribosomal protein S6 / TS9 / TS9 分子量: 10131.550 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpsF, TTHA0245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLP8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 10% w/v PEG 8000 8% v/v ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98013 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98013 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.13→47.9 Å / Num. obs: 78707 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.13-2.2	3.5	1.324	26594	7695	0.411	0.83	1.567	1.2	99.6
8.25-47.72	3	0.067	4253	1411	0.993	0.043	0.08	31.1	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.21	データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Ris

1ris

解像度: 2.13→47.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 18.779 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2665	3862	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2268	-	-	-
obs	0.2287	74709	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.02 Å² / B_iso mean: 47.987 Å² / B_iso min: 21.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.13→47.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9908	0	0	266	10174
B_iso mean	-	-	-	45.81	-
残基数	-	-	-	-	1200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	10034
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.651	13554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.531	1.577	22078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.545	5	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.491	20.98	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.561	15	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.513	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2222

LS精密化シェル

解像度: 2.13→2.185 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	297	-
R_work	0.344	5422	-
all	-	5719	-
obs	-	-	98.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0002	-0.2751	-0.3357	0.9761	0.2336	0.9861	0.0058	-0.0024	0.0567	0.043	0.0313	0.029	0.0637	0.0741	-0.0371	0.0332	0.0119	0.0371	0.1685	-0.0106	0.057	23.7	-4.105	40.761
2	1.1106	-0.0707	0.2518	2.473	-0.1775	0.497	0.0128	0.0231	0.004	0.0591	-0.0309	-0.0524	0.0187	0.0216	0.0181	0.0095	-0.0028	0.0227	0.1484	-0.0104	0.0797	20.232	25.46	-40.823
3	1.059	-0.4556	-0.6468	1.4144	0.1509	0.8765	0.0272	0.0063	0.0696	-0.0527	-0.044	-0.0626	0.0108	0.0499	0.0168	0.0233	0.0099	0.0228	0.1512	-0.0023	0.0657	41.25	0.939	51.652
4	1.1256	0.8795	-0.1149	2.7788	0.6301	1.2329	0.0846	-0.0531	0.0909	0.1373	-0.1701	0.1164	0.108	0.0155	0.0855	0.0405	-0.0438	0.023	0.179	0.009	0.0232	21.388	30.533	-20.103
5	0.954	-0.4642	-0.2583	2.8636	0.3225	0.4242	-0.011	-0.0696	-0.0034	0.126	-0.0623	0.0048	0.0626	-0.0269	0.0734	0.0383	-0.0133	0.0162	0.1438	0.0156	0.0514	42.401	0.513	73.037
6	1.4029	-0.3277	0.2358	1.0201	-0.1239	0.9174	0.0378	0.0162	0.0597	-0.0909	-0.0897	0.007	-0.0815	0.0918	0.052	0.0478	-0.0087	0.0321	0.1919	0.0021	0.0518	19.504	4.395	21.506
7	1.4586	0.4524	-0.1925	0.7105	-0.1058	2.4843	-0.1398	0.097	-0.0629	-0.0927	0.064	0.0947	0.2709	0.0501	0.0758	0.0437	-0.0043	0.0049	0.2033	-0.0121	0.0308	9.015	-5.58	5.712
8	1.225	-0.2668	-0.0434	1.5236	0.999	1.7386	-0.0122	-0.0149	0.0732	-0.099	0.105	-0.0812	-0.0431	0.1562	-0.0928	0.0155	-0.0091	0.0265	0.1755	-0.0125	0.0831	65.461	30.176	41.435
9	3.3766	0.8968	2.4541	1.2265	-0.3376	2.9452	-0.6033	0.0509	0.7665	-0.0737	0.0223	0.2931	-0.3766	-0.0369	0.5809	0.2465	-0.0891	-0.0389	0.1362	0.008	0.2731	-2.558	4.092	-9.146
10	1.8505	-1.1453	0.0017	1.9936	0.3174	0.5276	0.0546	-0.0117	-0.1129	0.0286	0.0315	0.1463	0.0042	0.0779	-0.0861	0.0123	0.0032	0.0236	0.1483	-0.0085	0.0935	67.124	25.681	62.265
11	1.51	-0.2746	-0.4316	1.2384	0.6028	1.4581	0.0455	0.0705	0.0509	0.0304	-0.064	0.0211	0.1335	-0.0382	0.0185	0.0382	0.0004	0.0302	0.193	0.0106	0.0348	50.7	21.764	28.515
12	3.4531	1.0145	-0.551	1.2219	-0.1104	2.5447	0.0466	0.3579	0.2961	0.0023	0.1824	-0.0754	-0.3962	-0.5826	-0.2289	0.0625	0.08	0.0312	0.3534	0.1073	0.0804	42.352	32.611	11.957
13	4.9049	1.9525	0.0742	1.3273	0.3649	0.7251	0.144	-0.3792	-0.398	-0.0564	-0.0548	-0.1832	0.219	0.0874	-0.0891	0.1847	-0.0087	-0.0439	0.3034	0.1014	0.0675	35.463	22.601	-6.004
14	1.9117	0.2817	1.9326	2.8706	-1.6747	3.3224	-0.016	0.2558	0.3124	0.1823	-0.4558	-0.1519	-0.1404	0.5845	0.4719	0.0276	-0.0506	-0.0245	0.2723	0.1081	0.1296	-5.908	-4.077	-28.806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	-39 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	N	-39 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	-39 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	M	-38 - 46
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	-39 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	-39 - 46
7	X-RAY DIFFRACTION	7	E	-39 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	I	-39 - 46
9	X-RAY DIFFRACTION	9	G	-39 - 46
10	X-RAY DIFFRACTION	10	H	-39 - 46
11	X-RAY DIFFRACTION	11	J	-38 - 46
12	X-RAY DIFFRACTION	12	K	-38 - 46
13	X-RAY DIFFRACTION	13	L	-39 - 46
14	X-RAY DIFFRACTION	14	F	-38 - 46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)