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万見

- PDB-7bex: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Campylobacter jejeu... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bex

タイトル

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Campylobacter jejeuni - ADP complex

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Dehydrogenase Nucleoside binding Glycolysis Gluconeogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / glucose metabolic process / NAD binding /

NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.054 Å

データ登録者

Moody, P.C.E. / Ayna, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of Camplylobacter jejueni GAPDH in complex with ADP
著者: Moody, P.C.E. / Ayna, A.

履歴

登録	2020年12月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bex.cif.gz	88.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bex.ent.gz	62.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bex	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7bewS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rvd-3 2pkr-2 3cmc-d 4lsm-2 4p8r-d 1jn0-1 3rvd-2 3rvd-1 1jn0-2 2d2i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.250, 90.250, 223.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-573- HOH
2	1	A-686- HOH
3	1	A-699- HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase /

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

分子量: 36418.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: gapA, Cj1403c / プラスミド: pCJgapA / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q0P8L1,

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 217分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 2.0 M Ammonium Sulfate,

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月1日 / 詳細: varimax HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→83.67 Å / Num. obs: 29280 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 2225 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
iMOSFLM		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BEW

解像度: 2.054→30.105 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 3.049 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1905	1437	4.912 %	random
R_work	0.1546	27815	-	-
all	0.156	-	-	-
obs	-	29252	99.898 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.007 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.007 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.054→30.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2519	0	49	211	2779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2641
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.709	1.635	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.422	1.589	5871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.513	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.285	23.28	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.756	15	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.219	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.163	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.619	1.579	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.607	1.577	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.493	2.358	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.494	2.359	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.981	1.926	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.98	1.926	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.376	2.748	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.375	2.748	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.817	19.295	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.774	19.107	2851

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.054-2.108	0.187	106	0.175	2025	X-RAY DIFFRACTION	99.6726
2.108-2.165	0.222	101	0.165	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.165-2.228	0.222	99	0.16	1917	X-RAY DIFFRACTION	99.9009
2.228-2.297	0.204	102	0.149	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.297-2.372	0.17	83	0.144	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.455	0.205	99	0.151	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.455-2.548	0.201	77	0.146	1698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.548-2.651	0.19	87	0.15	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.651-2.769	0.188	87	0.151	1562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.769-2.904	0.234	69	0.158	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.904-3.061	0.171	76	0.162	1428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.061-3.247	0.201	76	0.155	1362	X-RAY DIFFRACTION	100
3.247-3.47	0.176	62	0.146	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.748	0.146	69	0.14	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.748-4.105	0.181	57	0.14	1119	X-RAY DIFFRACTION	100
4.105-4.588	0.143	52	0.132	1005	X-RAY DIFFRACTION	99.8111
4.588-5.295	0.144	46	0.141	912	X-RAY DIFFRACTION	100
5.295-6.478	0.349	38	0.201	778	X-RAY DIFFRACTION	99.8776
6.478-9.135	0.197	30	0.183	624	X-RAY DIFFRACTION	100
9.135-30.105	0.261	21	0.24	362	X-RAY DIFFRACTION	95.5112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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