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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bev | ||||||
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タイトル | NMR structure of an optimized version of the first TPR domain of the human SPAG1 protein | ||||||
要素 | Sperm-associated antigen 1 | ||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / HSP70 / HSP90 / EEVD / MD SIMULATION / RUVBL / R2TP / R2SP / CILIA / DYNEIN / ASSEMBLY FACTOR / CHAPERONE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal dynein complex assembly / dynein axonemal particle / protein folding chaperone complex / single fertilization / protein stabilization / hydrolase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Dermouche, S. / Chagot, M.E. / Quinternet, M. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Optimizing the First TPR Domain of the Human SPAG1 Protein Provides Insight into the HSP70 and HSP90 Binding Properties. 著者: Dermouche, S. / Chagot, M.E. / Manival, X. / Quinternet, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bev.cif.gz | 774.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bev.ent.gz | 660.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bev_validation.pdf.gz | 269.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bev_full_validation.pdf.gz | 376.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bev_validation.xml.gz | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bev_validation.cif.gz | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7bev | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14527.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPAG1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07617 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: emulsion / 内容: 1 mM [U-13C; U-15N] SPAG1-TPR1, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1 mM / 構成要素: SPAG1-TPR1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 150 mM / Label: condition_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 | ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest restraint energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |