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- PDB-7beq: MicroED structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7beq
タイトルMicroED structure of the MyD88 TIR domain higher-order assembly
要素Myeloid differentiation primary response protein MyD88
キーワードPROTEIN BINDING / MicroED / MyD88 / TIR domain / higher-order assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / Toll binding / MyD88 deficiency (TLR5) / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / ATP-dependent histone chaperone activity / neutrophil-mediated killing of bacterium / induced systemic resistance / leukocyte activation involved in inflammatory response / TIR domain binding / response to molecule of fungal origin ...regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / Toll binding / MyD88 deficiency (TLR5) / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / ATP-dependent histone chaperone activity / neutrophil-mediated killing of bacterium / induced systemic resistance / leukocyte activation involved in inflammatory response / TIR domain binding / response to molecule of fungal origin / toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of lymphocyte proliferation / response to peptidoglycan / positive regulation of interleukin-23 production / establishment of endothelial intestinal barrier / IRAK4 deficiency (TLR5) / regulation of neutrophil migration / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / Toll-like receptor binding / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / neutrophil activation involved in immune response / interleukin-33-mediated signaling pathway / microglia differentiation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / death receptor binding / interleukin-1 receptor binding / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / skin development / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / extrinsic component of plasma membrane / type I interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / response to amine / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of type I interferon production / response to amino acid / phagocytosis / signaling adaptor activity / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / response to interleukin-1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to organic cyclic compound / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / : / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / gene expression / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to ethanol / defense response to virus / molecular adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid differentiation primary response protein MyD88
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Clabbers, M.T.B. / Holmes, S. / Muusse, T.W. / Vajjhala, P. / Thygesen, S.J. / Malde, A.K. / Hunter, D.J.B. / Croll, T.I. / Nanson, J.D. / Rahaman, M.H. ...Clabbers, M.T.B. / Holmes, S. / Muusse, T.W. / Vajjhala, P. / Thygesen, S.J. / Malde, A.K. / Hunter, D.J.B. / Croll, T.I. / Nanson, J.D. / Rahaman, M.H. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Yoon, C.H. / Zhao, J. / Zatsepin, N.A. / Abbey, B. / Sierecki, E. / Gambin, Y. / Darmanin, C. / Kobe, B. / Xu, H. / Ve, T.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-05333 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: MyD88 TIR domain higher-order assembly interactions revealed by microcrystal electron diffraction and serial femtosecond crystallography.
著者: Max T B Clabbers / Susannah Holmes / Timothy W Muusse / Parimala R Vajjhala / Sara J Thygesen / Alpeshkumar K Malde / Dominic J B Hunter / Tristan I Croll / Leonie Flueckiger / Jeffrey D ...著者: Max T B Clabbers / Susannah Holmes / Timothy W Muusse / Parimala R Vajjhala / Sara J Thygesen / Alpeshkumar K Malde / Dominic J B Hunter / Tristan I Croll / Leonie Flueckiger / Jeffrey D Nanson / Md Habibur Rahaman / Andrew Aquila / Mark S Hunter / Mengning Liang / Chun Hong Yoon / Jingjing Zhao / Nadia A Zatsepin / Brian Abbey / Emma Sierecki / Yann Gambin / Katryn J Stacey / Connie Darmanin / Bostjan Kobe / Hongyi Xu / Thomas Ve /
要旨: MyD88 and MAL are Toll-like receptor (TLR) adaptors that signal to induce pro-inflammatory cytokine production. We previously observed that the TIR domain of MAL (MAL) forms filaments in vitro and ...MyD88 and MAL are Toll-like receptor (TLR) adaptors that signal to induce pro-inflammatory cytokine production. We previously observed that the TIR domain of MAL (MAL) forms filaments in vitro and induces formation of crystalline higher-order assemblies of the MyD88 TIR domain (MyD88). These crystals are too small for conventional X-ray crystallography, but are ideally suited to structure determination by microcrystal electron diffraction (MicroED) and serial femtosecond crystallography (SFX). Here, we present MicroED and SFX structures of the MyD88 assembly, which reveal a two-stranded higher-order assembly arrangement of TIR domains analogous to that seen previously for MAL. We demonstrate via mutagenesis that the MyD88 assembly interfaces are critical for TLR4 signaling in vivo, and we show that MAL promotes unidirectional assembly of MyD88. Collectively, our studies provide structural and mechanistic insight into TLR signal transduction and allow a direct comparison of the MicroED and SFX techniques.
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8341
ポリマ－17,8341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.060, 31.010, 54.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.696, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量: 17833.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYD88 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99836

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Myeloid differentiation primary response protein MyD88
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.018 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 2100
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 0.08 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER
EM回折カメラ長: 1830 mm
EM回折 シェル解像度: 30.54→3 Å / フーリエ空間範囲: 73.7 % / 多重度: 12.2 / 構造因子数: 2436 / 位相残差: 1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 73.7 % / 再高解像度: 3 Å / 測定した強度の数: 29803 / 構造因子数: 2436 / 位相誤差: 22.11 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 1 / Rmerge: 0.459 / Rsym: 0.459
反射Biso Wilson estimate: 64.03 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
PHASER位相決定
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 107.7 ° / ∠γ: 90 ° / A: 99.06 Å / B: 31.01 Å / C: 54.3 Å / 空間群名: C2 / 空間群番号: 5
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4W8G

4w8g


解像度: 3→30.54 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.1064 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 129 5.3 %
Rwork0.2229 2307 -
obs0.2261 2436 73.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1133 0 0 0 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0031159
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.52431565
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.0425174
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.0037195
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d11.9175713
LS精密化 シェル解像度: 3→30.54 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 129 -
Rwork0.2229 2307 -
obs--73.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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