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- PDB-7beb: Unusual structural features in the adduct of dirhodium tetraaceta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7beb
タイトルUnusual structural features in the adduct of dirhodium tetraacetate with lysozyme (4)
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / Metal/protein adduct / dimetallic complex / metallodrug
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NITRATE ION / Rhodium / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer Research22587 イタリア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Unusual Structural Features in the Adduct of Dirhodium Tetraacetate with Lysozyme.
著者: Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,98628
ポリマ－14,3311
非ポリマー1,65427
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.604, 78.604, 37.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-225-

NO3

21AAA-225-

NO3

31AAA-372-

HOH

41AAA-397-

HOH

51AAA-414-

HOH

61AAA-418-

HOH

71AAA-419-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Lysozyme


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 147分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-RH / Rhodium


分子量: 102.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 20% ethylene glicol, 0.6 M sodium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→55.58 Å / Num. obs: 26513 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 25.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 25.9 % / Rmerge(I) obs: 2.55 / Num. unique obs: 1327 / CC1/2: 0.612 / Rpim(I) all: 0.72 / % possible all: 51.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
MOSFLMデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 193l

193l


解像度: 1.32→55.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.223 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 1286 4.85 %
Rwork0.1777 25227 -
all0.18 --
obs-26513 95.384 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.011 Å20 Å20 Å2
2---0.011 Å20 Å2
3---0.022 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→55.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 96 120 1217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.018997
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.2470.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3941.6931547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6431.5892302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4385140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63221.09464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6615181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9891511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2140.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2210.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1040.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1560.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2420.222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3242.49552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9782.452544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.663.687690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6723.692691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7043.022602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7043.023603
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5144.366862
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5114.367863
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.46131.9251399
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.32931.5271388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.785-1.8720.205770.1811436X-RAY DIFFRACTION100
1.872-1.9730.232730.1761356X-RAY DIFFRACTION100
1.973-2.0930.201670.1731285X-RAY DIFFRACTION100
2.093-2.2370.177580.1591225X-RAY DIFFRACTION100
2.237-2.4160.204610.1561138X-RAY DIFFRACTION100
2.416-2.6460.226670.1621053X-RAY DIFFRACTION100
2.646-2.9570.229340.159966X-RAY DIFFRACTION100
2.957-3.4130.228460.156866X-RAY DIFFRACTION100
3.413-4.1770.177390.149746X-RAY DIFFRACTION100
4.177-5.890.231230.186590X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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