PDB-7be2: X-ray structure of Hen Egg White Lysozyme with dirhodium tetraace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7be2

タイトル

X-ray structure of Hen Egg White Lysozyme with dirhodium tetraacetate (6)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Metallodrug / Metal/protein adduct / bimetallic compounds

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Unusual Structural Features in the Adduct of Dirhodium Tetraacetate with Lysozyme.
著者: Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7be2.cif.gz	45 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7be2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7be2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7be2_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7be2_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	7be2_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	7be2_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7be2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7be2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bdzC 7be0C 7be1C 7bebC 7becC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1heq-d 4zix-d 1bvx-d 6muz-d 7d05-d 1vat-d 1hel-d 3aw7-d 7byp-d 3wl2-2 3qy4-d 2yvb-d 4h93-d 7d02-d 6q8r-d 7cdq-d 42 7l84-d 1ykz-d 4o34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.930, 78.930, 37.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-318- HOH
2	1	AAA-362- HOH
3	1	AAA-405- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.01 M HEPES, 2.00 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→55.812 Å / Num. obs: 11800 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 24.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.65→1.8 Å / 冗長度: 22.4 % / R_merge(I) obs: 3.23 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 591 / CC_1/2: 0.51 / R_pim(I) all: 0.68 / % possible all: 52.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
MOSFLM		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.65→55.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.02 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	595	5.042 %
R_work	0.1819	11205	-
all	0.185	-	-
obs	-	11800	80.601 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.023 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.023 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.046 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→55.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	18	106	1125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.636	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.411	1.59	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.409	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.069	20.656	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.523	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.303	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.147	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.112	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.475	2.933	521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.456	2.929	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.551	4.4	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.551	4.404	651
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.522	3.461	525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.52	3.461	526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.727	4.993	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.723	4.994	765
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.384	36.317	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.349	36.136	1276

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.845	0.292	39	0.283	681	X-RAY DIFFRACTION	73.695
1.845-1.905	0.286	54	0.274	865	X-RAY DIFFRACTION	97.766
1.905-1.972	0.347	30	0.241	905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.972-2.046	0.276	46	0.211	832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.046-2.13	0.231	38	0.197	828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.224	0.24	43	0.198	767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.224-2.332	0.216	40	0.177	760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.458	0.294	34	0.176	716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.458-2.607	0.315	30	0.181	683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.607-2.787	0.277	34	0.183	642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.787-3.009	0.298	36	0.175	607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.009-3.296	0.199	30	0.157	553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.296-3.683	0.21	33	0.148	507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.683-4.25	0.155	22	0.134	453	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-5.197	0.175	29	0.144	390	X-RAY DIFFRACTION	100
5.197-7.318	0.269	22	0.199	314	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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