PDB-7be0: X-ray structure of Hen Egg White Lysozyme with dirhodium tetraace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7be0

タイトル

X-ray structure of Hen Egg White Lysozyme with dirhodium tetraacetate (2)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Metallodrug / Metal/protein adduct / bimetallic compounds

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Unusual Structural Features in the Adduct of Dirhodium Tetraacetate with Lysozyme.
著者: Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7be0.cif.gz	47.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7be0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7be0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7be0_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7be0_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7be0_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7be0_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7be0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/7be0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7bdzC 7be1C 7be2C 7bebC 7becC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qxw-d 7cdu-d 1lsy-d 4zee-d 6w7p-d 4h9c-d 4h8y-d 2ybn-d 4ny5-d 6h0l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.948, 77.948, 37.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-207- NO3
2	1	AAA-207- NO3
3	1	AAA-374- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 154分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 20% ethylene glicol, 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→26.99 Å / Num. obs: 15018 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 56.7
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 623 / CC_1/2: 0.942 / R_pim(I) all: 0.152 / % possible all: 86.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193l

193l

解像度: 1.62→26.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.706 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	736	4.914 %
R_work	0.1646	14241	-
all	0.166	-	-
obs	-	14977	98.656 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.263 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.263 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.525 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→26.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	68	136	1205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	947
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.104	0.01	11
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.958	1.682	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.645	1.585	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.576	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.508	21.094	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.544	15	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.969	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.081	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.215	0.2	952
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.164	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.062	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.282	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.277	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.286	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.841	1.953	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.665	1.931	529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.381	2.902	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.382	2.906	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.217	2.318	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.215	2.32	563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.544	3.378	821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.542	3.379	822
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.829	24.366	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.828	24.371	1324

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.661-1.707	0.234	47	0.191	959	X-RAY DIFFRACTION	94.9953
1.707-1.756	0.199	49	0.169	977	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
1.756-1.81	0.285	53	0.167	953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.87	0.192	39	0.159	960	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.935	0.209	57	0.164	892	X-RAY DIFFRACTION	99.8947
1.935-2.008	0.216	49	0.172	882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.008-2.09	0.253	43	0.153	835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.183	0.166	40	0.146	818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.183-2.289	0.19	49	0.136	772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.289-2.413	0.171	30	0.137	747	X-RAY DIFFRACTION	99.8715
2.413-2.559	0.194	33	0.138	714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.559-2.735	0.144	36	0.138	657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.735-2.954	0.192	40	0.148	617	X-RAY DIFFRACTION	99.848
2.954-3.235	0.236	35	0.153	583	X-RAY DIFFRACTION	99.8384
3.235-3.615	0.174	24	0.148	528	X-RAY DIFFRACTION	99.8192
3.615-4.171	0.193	21	0.163	487	X-RAY DIFFRACTION	100
4.171-5.101	0.194	17	0.18	408	X-RAY DIFFRACTION	100
5.101-7.183	0.199	17	0.258	329	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 5種, 154分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-非ポリマー , 5種, 154分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

-
非ポリマー , 5種, 154分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)