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- PDB-7bdk: Human Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bdk
タイトルHuman Brr2 Helicase Region in complex with C-tail deleted Jab1 and ADP
要素
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
キーワードHYDROLASE / RNP REMODELING / PRE-MRNA SPLICING / SPLICEOSOME CATALYTIC ACTIVATION / DEXD/H-BOX RNA HELICASE / RNA AND ATP BINDING / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding ...cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / RNA helicase activity / RNA helicase / nuclear speck / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / : / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PROCT domain ...Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / : / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Vester, K. / Santos, K.F. / Absmeier, E. / Wahl, M.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)278001972 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Long-range allostery mediates cooperative adenine nucleotide binding by the Ski2-like RNA helicase Brr2.
著者: Absmeier, E. / Vester, K. / Ghane, T. / Burakovskiy, D. / Milon, P. / Imhof, P. / Rodnina, M.V. / Santos, K.F. / Wahl, M.C.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
J: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,7036
ポリマ－229,8002
非ポリマー9034
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area83340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.532, 118.620, 187.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 199666.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#2: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 30133.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF8, PRPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Hepes-NaOH, 0.1M MgCl2, 8% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 74606 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 46.8 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.263 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 11542 / CC1/2: 0.356 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S8Q

6s8q


解像度: 2.52→48.09 Å / SU ML: 0.4049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6358
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 2101 2.82 %
Rwork0.2281 72502 -
obs0.2297 74603 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→48.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15884 0 56 309 16249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001916299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.479522107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04092488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00362817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.51222144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.52-2.580.38791260.33514344X-RAY DIFFRACTION89.67
2.58-2.640.34211390.32494806X-RAY DIFFRACTION99.7
2.64-2.710.36611400.30734821X-RAY DIFFRACTION99.72
2.71-2.790.3721410.3064851X-RAY DIFFRACTION99.72
2.79-2.880.3431390.28734801X-RAY DIFFRACTION99.4
2.88-2.990.32881390.2784824X-RAY DIFFRACTION99.42
2.99-3.110.34661390.27554795X-RAY DIFFRACTION98.37
3.11-3.250.31761400.26384832X-RAY DIFFRACTION99.64
3.25-3.420.34811420.25314902X-RAY DIFFRACTION99.72
3.42-3.630.27411410.22264852X-RAY DIFFRACTION99.82
3.63-3.910.25181400.21514855X-RAY DIFFRACTION99.09
3.91-4.310.27021410.18944863X-RAY DIFFRACTION98.82
4.31-4.930.2411430.17424926X-RAY DIFFRACTION99.61
4.93-6.210.27271430.21214923X-RAY DIFFRACTION98.45
6.21-48.090.21511480.19275107X-RAY DIFFRACTION98.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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