PDB-7bcz: Structure of the 4'-phosphopantetheinyl transferase PcpS from Pse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bcz

タイトル

Structure of the 4'-phosphopantetheinyl transferase PcpS from Pseudomonas aeruginosa

要素

4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

キーワード

TRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa

機能・相同性

COENZYME A / :

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Carivenc, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Phosphopantetheinyl transferase binding and inhibition by amidino-urea and hydroxypyrimidinethione compounds.
著者: Carivenc, C. / Maveyraud, L. / Blanger, C. / Ballereau, S. / Roy-Camille, C. / Nguyen, M.C. / Genisson, Y. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Pedelacq, J.D. / Mourey, L.

履歴

登録	2020年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bcz.cif.gz	390.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bcz.ent.gz	322.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7bcz_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bcz_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7bcz_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	7bcz_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7b4rC 7b4sC 7bdwC 6qyfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3phg-1 7bcz-4 3phh-d 3orz-3 5os6-d 4fpx-1 3b1w-4 3a61-d 5dn3-d 2np8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

B: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

C: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

D: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 4'-phosphopantetheinyl transferase EntD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.359, 78.872, 81.123
Angle α, β, γ (deg.)	85.62, 84.62, 73.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	4'-phosphopantetheinyl transferase EntD / Enterobactin synthase component D / Enterochelin synthase D 分子量: 27031.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: EM867_30290, HAP34_19570, HP562_05455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6N0ZM94
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M Na Citrate 10 % PEG4000 10% propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97907 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42.49 Å / Num. obs: 39884 / % possible obs: 97.08 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.33 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 9.39
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / Num. unique obs: 3949 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QYF

6qyf

解像度: 2.4→42.49 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2619	3080	3.88 %
R_work	0.2096	-	-
obs	0.2117	39857	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7477	0	194	161	7832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7873
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	10729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.683	2851
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1170
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1383

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.44	0.3436	140	0.2992	3396	X-RAY DIFFRACTION	96
2.44-2.48	0.3655	139	0.2835	3510	X-RAY DIFFRACTION	96
2.48-2.52	0.3106	140	0.2755	3397	X-RAY DIFFRACTION	96
2.52-2.57	0.294	150	0.2815	3416	X-RAY DIFFRACTION	96
2.57-2.62	0.3052	124	0.2828	3547	X-RAY DIFFRACTION	96
2.62-2.67	0.3279	146	0.272	3321	X-RAY DIFFRACTION	95
2.67-2.73	0.3182	131	0.2713	3508	X-RAY DIFFRACTION	96
2.73-2.79	0.2831	135	0.2625	3516	X-RAY DIFFRACTION	97
2.79-2.86	0.298	137	0.2361	3400	X-RAY DIFFRACTION	97
2.86-2.94	0.3017	144	0.2527	3555	X-RAY DIFFRACTION	97
2.94-3.02	0.2656	141	0.2496	3402	X-RAY DIFFRACTION	97
3.02-3.12	0.2611	145	0.2344	3484	X-RAY DIFFRACTION	97
3.12-3.23	0.3456	139	0.2356	3461	X-RAY DIFFRACTION	97
3.23-3.36	0.2897	149	0.2206	3527	X-RAY DIFFRACTION	97
3.36-3.52	0.302	140	0.2127	3447	X-RAY DIFFRACTION	97
3.52-3.7	0.2814	135	0.2073	3501	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7-3.93	0.2325	138	0.1844	3436	X-RAY DIFFRACTION	97
3.93-4.23	0.2354	146	0.1717	3541	X-RAY DIFFRACTION	98
4.24-4.66	0.1833	135	0.1581	3485	X-RAY DIFFRACTION	97
4.66-5.33	0.2211	148	0.1598	3483	X-RAY DIFFRACTION	97
5.33-6.72	0.2675	138	0.1963	3462	X-RAY DIFFRACTION	97
6.72-42.49	0.2064	140	0.1734	3502	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3616	-0.2399	-1.1682	0.4522	0.5328	0.9673	-0.0555	0.2479	-0.4987	0.2533	-0.1146	-0.2687	-0.0202	0.1334	0.1486	0.1968	-0.0836	0.0168	0.3774	-0.0077	0.3238	59.886	15.082	-20.396
2	3.1861	0.5189	0.4155	4.2012	-0.7608	4.6939	-0.0497	-0.3856	-0.0495	0.8294	0.1607	-0.3404	0.3366	0.117	-0.0574	0.4317	0.0763	-0.0445	0.2601	-0.0352	0.2696	61.824	17.58	-10.18
3	2.7181	1.5903	0.4219	4.5439	-0.3569	4.6995	0.1106	-0.7968	0.3569	0.284	-0.0002	-0.2716	-0.24	0.2033	-0.2275	0.302	-0.0552	0.0481	0.2334	-0.1061	0.53	58.42	31.528	-14.28
4	5.4552	4.9043	-3.6634	9.3091	-1.5342	7.6962	-0.6961	-1.2089	-0.371	0.123	0.0228	1.334	0.8699	-0.0576	0.5989	0.6338	-0.1408	0.2652	0.6227	-0.2316	0.7481	42.02	38.208	-1.914
5	6.1533	-1.1656	-1.1069	6.4573	0.513	3.2281	0.2166	-0.0355	0.6336	0.4808	-0.0618	0.1591	-0.1952	0.0107	-0.0898	0.3033	-0.0095	0.045	0.2364	0.0113	0.3106	54.538	41.133	-11.528
6	2.2839	-0.3508	0.4449	5.7488	-0.1169	2.4802	0.017	0.116	0.1871	-0.1313	-0.1536	-0.0304	0.1237	-0.0641	0.126	0.1538	-0.0249	0.0384	0.3026	0.0278	0.2013	43.066	6.282	-30.371
7	3.5576	0.0679	-1.9414	4.5464	-1.1954	3.8205	-0.0266	-0.0875	0.0184	0.4633	0.0621	0.4346	0.1439	-0.0503	-0.0485	0.2884	-0.0297	0.0526	0.2783	-0.015	0.2989	33.383	-9.748	-16.186
8	1.7639	-0.0464	-0.9689	5.3839	-1.3413	3.0066	0.0135	-0.124	-0.0324	0.1524	-0.0963	0.2708	0.0076	-0.1893	0.0436	0.173	-0.0137	-0.0293	0.2994	-0.0477	0.3222	31.268	38.574	37.59
9	2.9215	-0.8448	1.495	4.7449	-0.915	3.1643	0.0256	0.1341	0.0011	-0.4902	-0.0306	0.3414	0.031	-0.0007	-0.0233	0.2849	-0.0205	-0.0085	0.22	0.008	0.2703	21.448	54.69	23.76
10	1.6791	-0.4945	0.268	0.2481	-0.0859	0.0444	-0.3761	0.1236	1.0207	-0.1357	0.1562	-0.9091	0.0243	0.3856	0.1522	0.6261	0.0101	0.031	0.4563	-0.0231	0.9034	50.452	38.37	24.115
11	4.3193	-0.3459	0.5911	3.3166	-0.3102	2.7999	0.1466	0.2771	0.4624	-0.7401	0.0985	-0.2541	-0.2796	0.1611	-0.1614	0.5181	-0.0512	0.0962	0.2787	-0.0483	0.3243	47.753	28.33	19.441
12	3.0406	-1.9481	-0.2905	3.7397	-1.0123	4.5583	0.2381	0.2855	0.3014	-0.7494	-0.4198	-1.1509	-0.5029	0.7737	0.1559	0.5862	-0.1367	0.1898	0.4262	-0.0301	0.5848	56.628	21.92	16.901
13	4.0305	-0.3266	0.898	7.5875	0.9882	3.7051	-0.0121	0.0209	0.4952	-0.4393	-0.1307	-0.4839	0.0919	0.146	-0.0016	0.2625	-0.1097	0.0876	0.2718	-0.1008	0.3974	49.532	17.241	22.97
14	2.84	0.1925	2.6843	4.5031	2.3351	3.561	0.1989	0.6184	0.3446	-1.57	-0.6448	1.631	0.0063	-0.611	0.1156	0.6842	-0.0259	-0.2573	0.595	-0.0623	0.7032	30.782	8.767	11.029
15	4.1028	-0.7204	0.6045	5.6243	0.8384	3.3095	0.2742	-0.0139	-0.1586	-0.6303	-0.089	0.6419	0.0622	-0.0208	-0.1925	0.3992	-0.0347	-0.0675	0.2411	0.0063	0.2639	42.888	3.85	18.976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:30 )	A	3 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 31:122 )	A	31 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 123:138 )	A	123 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 139:149 )	A	139 - 149
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 150:241 )	A	150 - 241
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 6:127 )	B	6 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 128:241 )	B	128 - 241
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 7:127 )	C	7 - 127
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 128:241 )	C	128 - 241
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 3:18 )	D	3 - 18
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 19:85 )	D	19 - 85
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 86:111 )	D	86 - 111
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 112:133 )	D	112 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 134:149 )	D	134 - 149
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 150:241 )	D	150 - 241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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