PDB-7bbx: Neisseria gonorrhoeae transaldolase, variant K8A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bbx

タイトル

Neisseria gonorrhoeae transaldolase, variant K8A

要素

Transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / Transaldolase / Cross-link / Regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Funk, L.M. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A lysine-cysteine redox switch with an NOS bridge regulates enzyme function.
著者: Wensien, M. / von Pappenheim, F.R. / Funk, L.M. / Kloskowski, P. / Curth, U. / Diederichsen, U. / Uranga, J. / Ye, J. / Fang, P. / Pan, K.T. / Urlaub, H. / Mata, R.A. / Sautner, V. / Tittmann, K.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年5月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bbx.cif.gz	282.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bbx.ent.gz	210 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bbx_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bbx_full_validation.pdf.gz	446.5 KB	表示
XML形式データ	7bbx_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	7bbx_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zwfC 6zwhC 6zwjC 6zx4C 7b0lC 7bbwC 3clmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zx4-d 6zwj-d 7bbw-1 5k78-2 4ojx-d 7b0l-d 6ibf-2 6zwh-d 1ur1-d 4cby-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transaldolase

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.420, 82.890, 90.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Transaldolase 分子量: 37540.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) 遺伝子: tal, E8M68_10680, F9Z35_1423, TUM15744_11190, TUM15745_13730, TUM15746_13410, TUM15747_14120, TUM15749_15370, TUM15750_11410, TUM15751_15520, TUM15759_11670, TUM15760_12360, TUM15761_ ...遺伝子: tal, E8M68_10680, F9Z35_1423, TUM15744_11190, TUM15745_13730, TUM15746_13410, TUM15747_14120, TUM15749_15370, TUM15750_11410, TUM15751_15520, TUM15759_11670, TUM15760_12360, TUM15761_09930, TUM15764_14310, TUM15765_13050, TUM15766_06460, TUM15768_14740, TUM15770_09320, TUM15771_08190, TUM15772_10900, TUM15774_13280, TUM15776_12130, TUM15780_14920, TUM15781_07470, TUM15782_07520, TUM15784_12210, TUM15785_13660, TUM15786_07850, TUM15787_13260, TUM15789_13310, TUM15790_01750, TUM15791_13450, TUM15792_03840, TUM15793_14160, TUM15796_12040, TUM15797_11040, TUM15798_01870, WHOO_01512, WHOO_01712 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3FXY0, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PEG8000, Sodium citrate, Sodium phosphate, Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.6888 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.85→38.391 Å / Num. obs: 276361 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.796 % / B_iso Wilson estimate: 11.227 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 0.881 / Net I/σ(I): 22.75

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
0.85-0.87	9.979	2.227	1.11	17731	0.46	2.347	95.2
0.87-0.9	10.49	1.652	1.54	24061	0.621	1.737	96.5
0.9-0.95	12.455	1.011	2.71	34628	0.843	1.054	99.3
0.95-1	13.494	0.569	5.13	28190	0.954	0.591	99.9
1-1.1	13.513	0.255	10.87	42255	0.991	0.265	99.9
1.1-1.2	13.412	0.121	20.94	29430	0.997	0.126	99.9
1.2-1.5	13.542	0.072	33.44	48368	0.999	0.075	100
1.5-2	13.41	0.038	57.29	29590	1	0.04	100
2-3	13.125	0.029	73.14	15416	1	0.03	100
3-4	12.325	0.034	74.74	3827	0.998	0.036	99.9
4-5	10.528	0.038	69	1382	0.996	0.041	99.2
5-10	9.969	0.034	66.6	1306	0.996	0.036	97.8
10-50	4.695	0.036	42.9	177	0.995	0.042	81.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.17	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CLM

3clm

解像度: 0.85→38.39 Å / SU ML: 0.0695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.2657
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1191	8288	3 %
R_work	0.1078	267995	-
obs	0.1081	276283	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.85→38.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2638	0	17	524	3179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	3293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1417	4546
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0801	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	621
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6971	1289

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.85-0.86	0.3115	262	0.3051	8437	X-RAY DIFFRACTION	94.64
0.86-0.87	0.3011	262	0.286	8480	X-RAY DIFFRACTION	95.3
0.87-0.88	0.2686	265	0.2628	8566	X-RAY DIFFRACTION	95.81
0.88-0.89	0.2367	268	0.2478	8674	X-RAY DIFFRACTION	96.64
0.89-0.9	0.241	269	0.2257	8672	X-RAY DIFFRACTION	97.3
0.9-0.92	0.2146	270	0.207	8784	X-RAY DIFFRACTION	98.38
0.92-0.93	0.2076	276	0.1884	8914	X-RAY DIFFRACTION	99.8
0.93-0.94	0.1664	277	0.1693	8954	X-RAY DIFFRACTION	99.87
0.94-0.96	0.1718	275	0.157	8886	X-RAY DIFFRACTION	99.76
0.96-0.97	0.1567	275	0.1369	8939	X-RAY DIFFRACTION	99.85
0.97-0.99	0.1449	278	0.126	8959	X-RAY DIFFRACTION	99.91
0.99-1.01	0.1176	276	0.1143	8949	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.01-1.03	0.137	276	0.1095	8923	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.03-1.05	0.1072	277	0.0972	8933	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.05-1.07	0.0968	277	0.0868	8957	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.07-1.1	0.0901	277	0.0779	8955	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.1-1.12	0.0906	277	0.0746	8980	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.12-1.15	0.085	277	0.0705	8955	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.15-1.19	0.0851	279	0.0709	9015	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.19-1.23	0.0817	278	0.0731	8973	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.23-1.27	0.0916	278	0.076	8977	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.27-1.32	0.0916	279	0.0771	9024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.38	0.0832	279	0.0781	9041	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.38-1.45	0.0835	279	0.0775	9020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.54	0.0977	280	0.0787	9029	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.54-1.66	0.0995	280	0.085	9076	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.66-1.83	0.1047	282	0.0951	9116	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-2.1	0.1017	283	0.0997	9139	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.1-2.64	0.1134	285	0.105	9230	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.64-38.39	0.1529	292	0.1369	9438	X-RAY DIFFRACTION	99.04

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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