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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bbw | ||||||
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タイトル | Neisseria gonorrhoeae transaldolase, variant C38S | ||||||
要素 | Transaldolase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Transaldolase / Cross-link / Regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transaldolase / transaldolase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Rabe von Pappenheim, F. / Wensien, M. / Tittmann, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: A lysine-cysteine redox switch with an NOS bridge regulates enzyme function. 著者: Wensien, M. / von Pappenheim, F.R. / Funk, L.M. / Kloskowski, P. / Curth, U. / Diederichsen, U. / Uranga, J. / Ye, J. / Fang, P. / Pan, K.T. / Urlaub, H. / Mata, R.A. / Sautner, V. / Tittmann, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7bbw.cif.gz | 545.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7bbw.ent.gz | 412.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7bbw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7bbw_validation.pdf.gz | 432 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7bbw_full_validation.pdf.gz | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7bbw_validation.xml.gz | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7bbw_validation.cif.gz | 62.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37394.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) 遺伝子: tal, E8M68_10680, F9Z35_1423, TUM15744_11190, TUM15745_13730, TUM15746_13410, TUM15747_14120, TUM15749_15370, TUM15750_11410, TUM15751_15520, TUM15759_11670, TUM15760_12360, TUM15761_ ...遺伝子: tal, E8M68_10680, F9Z35_1423, TUM15744_11190, TUM15745_13730, TUM15746_13410, TUM15747_14120, TUM15749_15370, TUM15750_11410, TUM15751_15520, TUM15759_11670, TUM15760_12360, TUM15761_09930, TUM15764_14310, TUM15765_13050, TUM15766_06460, TUM15768_14740, TUM15770_09320, TUM15771_08190, TUM15772_10900, TUM15774_13280, TUM15776_12130, TUM15780_14920, TUM15781_07470, TUM15782_07520, TUM15784_12210, TUM15785_13660, TUM15786_07850, TUM15787_13260, TUM15789_13310, TUM15790_01750, TUM15791_13450, TUM15792_03840, TUM15793_14160, TUM15796_12040, TUM15797_11040, TUM15798_01870, WHOO_01512, WHOO_01712 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D3FXY0, transaldolase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8000, Sodium citrate, Sodium Phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.7293 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.7293 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.25→153.476 Å / Num. obs: 199443 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.462 % / Biso Wilson estimate: 19.108 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.035 / Χ2: 0.928 / Net I/σ(I): 20.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CLM 解像度: 1.25→34.06 Å / SU ML: 0.1022 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.5594 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→34.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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