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- PDB-7bbv: Pectate lyase B from Verticillium dahliae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbv
タイトルPectate lyase B from Verticillium dahliae
要素Pectate lyase B
キーワードLYASE / Pectinase / Beta-sheets
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectin lyase family / Pectate lyase / Pectate lyase / Amb_all / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Pectate lyase B
類似検索 - 構成要素
生物種Verticillium dahliae (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Safran, J. / Habrylo, O. / Bouckaert, J. / Pau Roblot, C. / Senechal, F. / Pelloux, J.
資金援助European Union, フランス, 2件
組織認可番号国
European Regional Development FundEuropean Union
Agence Nationale de la Recherche (ANR)CARAPEC-Region Hauts de France フランス
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: The specificity of pectate lyase VdPelB from Verticilium dahliae is highlighted by structural, dynamical and biochemical characterizations.
著者: Safran, J. / Ung, V. / Bouckaert, J. / Habrylo, O. / Molinie, R. / Fontaine, J.X. / Lemaire, A. / Voxeur, A. / Pilard, S. / Pau-Roblot, C. / Mercadante, D. / Pelloux, J. / Senechal, F.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectate lyase B
B: Pectate lyase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,90417
ポリマ－73,5562
非ポリマー2,34815
水18,9341051
1
A: Pectate lyase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8998
ポリマ－36,7781
非ポリマー1,1217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Pectate lyase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0059
ポリマ－36,7781
非ポリマー1,2278
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.890, 59.690, 93.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 19 through 23 or resid 25...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 19 through 23 or resid 25...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLUA1 - 5
d_12ens_1CYSVALA9 - 61
d_13ens_1VALSERA63 - 75
d_14ens_1LEUVALA78 - 88
d_15ens_1ASNSERA91 - 197
d_16ens_1ARGGLYA199 - 214
d_17ens_1SERTHRA216 - 237
d_18ens_1ASNASPA240 - 246
d_19ens_1LYSALAA250 - 255
d_110ens_1VALGLYA259 - 277
d_111ens_1SERTYRA281 - 285
d_112ens_1TYRTYRA288
d_113ens_1LEUPHEA292 - 312
d_114ens_1MANMANB
d_115ens_1MANMANC
d_116ens_1MANMAND
d_117ens_1MANMANE
d_118ens_1MANMANF
d_119ens_1MANMANG
d_21ens_1ALAGLUJ1 - 5
d_22ens_1CYSVALJ9 - 61
d_23ens_1VALSERJ64 - 76
d_24ens_1LEUVALJ78 - 88
d_25ens_1ASNSERJ90 - 196
d_26ens_1ARGARGJ199
d_27ens_1PHEGLYJ202 - 216
d_28ens_1SERTHRJ220 - 241
d_29ens_1ASNASPJ243 - 249
d_210ens_1LYSALAJ253 - 258
d_211ens_1VALGLYJ262 - 280
d_212ens_1SERTYRJ282 - 286
d_213ens_1TYRTYRJ290
d_214ens_1LEUPHEJ293 - 313
d_215ens_1MANMANK
d_216ens_1MANMANL
d_217ens_1MANMANM
d_218ens_1MANMANN
d_219ens_1MANMANO
d_220ens_1MANMANP

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.489434907135, -0.871308290348, -0.0357118306576), (0.869118235362, 0.484036532212, 0.101696255808), (-0.0713229601126, -0.0808115007601, 0.994174298957)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.489434907135, -0.871308290348, -0.0357118306576), (0.869118235362, 0.484036532212, 0.101696255808), (-0.0713229601126, -0.0808115007601, 0.994174298957)
ベクター: -40.8319464065, -18.9200123649, -4.23547513539)

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要素

#1: タンパク質 Pectate lyase B


分子量: 36777.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Verticillium dahliae (strain VdLs.17 / ATCC MYA-4575 / FGSC 10137) (菌類)
株: VdLs.17 / ATCC MYA-4575 / FGSC 10137 / 遺伝子: VDAG_04718 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2X3Y1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M MIB 8.0 25 % w/v PEG 1500 (B5 condition PACT premier plate)

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データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→60.52 Å / Num. obs: 207729 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.23 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.014 / Rrim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / Num. unique obs: 19578 / CC1/2: 0.136 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
pointlessデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VMV

3vmv


解像度: 1.2→60.52 Å / SU ML: 0.356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.8724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1958 10374 5 %
Rwork0.1722 197008 -
obs0.1734 207382 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→60.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4480 0 141 1052 5673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01324798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39986510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1014765
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092810
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.40361796
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.75524096286 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.210.46132900.45855464X-RAY DIFFRACTION83.16
1.21-1.230.44353360.44476354X-RAY DIFFRACTION96.37
1.23-1.240.4293440.43436521X-RAY DIFFRACTION98.07
1.24-1.260.43783420.42386495X-RAY DIFFRACTION98.73
1.26-1.270.40933430.42126517X-RAY DIFFRACTION98.71
1.27-1.290.43033450.42026564X-RAY DIFFRACTION98.83
1.29-1.310.42973460.42326562X-RAY DIFFRACTION99.55
1.31-1.330.43663450.42446563X-RAY DIFFRACTION99.45
1.33-1.350.41513460.40046574X-RAY DIFFRACTION99.45
1.35-1.370.39843470.37496575X-RAY DIFFRACTION99.34
1.37-1.40.40083470.36196583X-RAY DIFFRACTION99.21
1.4-1.420.35213460.35136567X-RAY DIFFRACTION99.4
1.42-1.450.36893470.34966586X-RAY DIFFRACTION99.58
1.45-1.480.35593460.34066569X-RAY DIFFRACTION99.37
1.48-1.510.33513460.32096578X-RAY DIFFRACTION99.7
1.51-1.540.31093490.31896619X-RAY DIFFRACTION99.84
1.54-1.580.34173490.31036634X-RAY DIFFRACTION99.8
1.58-1.630.31373470.30096624X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.670.29693500.26386653X-RAY DIFFRACTION99.93
1.67-1.730.27883460.23236579X-RAY DIFFRACTION99.97
1.73-1.790.20893500.186665X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.860.20063500.16046644X-RAY DIFFRACTION99.96
1.86-1.950.18583490.1636623X-RAY DIFFRACTION99.97
1.95-2.050.19913500.16516647X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.180.18923510.15736677X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.340.16983510.14696670X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.580.16483510.14326668X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.950.14663510.13336678X-RAY DIFFRACTION99.99
2.95-3.720.15083540.12696728X-RAY DIFFRACTION100
3.72-60.520.16063600.13436827X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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