PDB-7bbo: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homolog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bbo

タイトル

Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in space group P212121

要素

PH-interacting protein

キーワード

PROTEIN BINDING / PHIP / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN INTERACTING PROTEIN / bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / lysine-acetylated histone binding / insulin receptor binding / regulation of protein phosphorylation / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in space group P21212
著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bbo.cif.gz	120.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bbo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bbo_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bbo_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	7bbo_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	7bbo_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7av8C 3mb3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5s8q-1 5pot-2 5pog-2 5ppp-2 7av9-d 5enj-d 5psq-2 5pp0-2 6q6x-2 5e9m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4085992 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: PH-interacting protein

BBB: PH-interacting protein

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: PH-interacting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: PH-interacting protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.726, 56.477, 91.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 15156.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG6000 -- 10% ethylene glycol -- 0.1M tris pH 7.5 -- 0.1M calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→56.48 Å / Num. obs: 59052 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.32→1.37 Å / Num. unique obs: 6528 / CC_1/2: 0.577

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MB3

3mb3

解像度: 1.32→48.148 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 4.161 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2255	2843	4.829 %
R_work	0.1859	56025	-
all	0.188	-	-
obs	-	58868	99.71 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.64 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.903 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.737 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→48.148 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	39	196	2267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.014	0.017	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.66	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.677	1.579	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.592	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.54	21.707	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.728	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.148	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.096	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.347	1.896	988
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.354	1.893	987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.015	2.852	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.018	2.856	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.261	2.413	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.261	2.414	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.208	3.457	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.207	3.457	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.295	23.672	2522
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.222	23.355	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.557	3	4097

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.32-1.354	0.415	213	0.42	4019	X-RAY DIFFRACTION	98.648
1.354-1.391	0.396	213	0.394	3956	X-RAY DIFFRACTION	99.1675
1.391-1.432	0.371	193	0.358	3850	X-RAY DIFFRACTION	99.6058
1.432-1.476	0.395	195	0.331	3791	X-RAY DIFFRACTION	99.7248
1.476-1.524	0.286	172	0.255	3669	X-RAY DIFFRACTION	99.7403
1.524-1.578	0.273	195	0.231	3529	X-RAY DIFFRACTION	99.8927
1.578-1.637	0.269	171	0.197	3447	X-RAY DIFFRACTION	99.8896
1.637-1.704	0.261	162	0.176	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.9137
1.704-1.779	0.227	170	0.154	3147	X-RAY DIFFRACTION	99.8495
1.779-1.866	0.242	154	0.149	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.9062
1.866-1.967	0.236	155	0.162	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.9672
1.967-2.086	0.22	131	0.147	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.23	0.183	111	0.14	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.408	0.183	116	0.135	2436	X-RAY DIFFRACTION	99.9608
2.408-2.638	0.208	107	0.145	2251	X-RAY DIFFRACTION	99.9576
2.638-2.948	0.174	112	0.15	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.7196
2.948-3.403	0.189	105	0.169	1786	X-RAY DIFFRACTION	99.8416
3.403-4.164	0.163	61	0.168	1558	X-RAY DIFFRACTION	99.6308
4.164-5.873	0.191	66	0.173	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
5.873-48.148	0.268	41	0.222	727	X-RAY DIFFRACTION	99.4819

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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