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- PDB-7bbc: Joint X-ray/neutron room temperature structure of perdeuterated P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbc
タイトルJoint X-ray/neutron room temperature structure of perdeuterated PLL lectin in complex with perdeuterated L-fucose
要素PLL lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Complex / propeller
機能・相同性Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus laumondii (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Institut Laue-Langevin フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Visualization of hydrogen atoms in a perdeuterated lectin-fucose complex reveals key details of protein-carbohydrate interactions.
著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLL lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9307
ポリマ－41,9451
非ポリマー9856
水6,017334
1
A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,72028
ポリマ－167,7804
非ポリマー3,94024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.665, 89.210, 159.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-574-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PLL lectin


分子量: 41944.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii (バクテリア)
遺伝子: CKY10_20885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A329WTS5
#2: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na/K tartrate dissolved in D2O, soaked with 50 mM perdeuterated fucose-d12 dissolved in D2O

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
SEALED TUBEXenocs GeniX 3D Cu HF11.542
NUCLEAR REACTORILL LADI III23.07-4.05
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2020年1月15日
LADI III2IMAGE PLATE2019年8月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.5421
23.071
34.051
反射

Biso Wilson estimate: 19.08 Å2 / Entry-ID: 7BBC

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.84-334527610011.510.11114.7
2.2-462234884.94.10.1628
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID
1.84-1.880.5827660.831
2.2-2.320.3328222

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMdata processing
Aimlessデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
LAUEGENdata processing
LAUEGENデータ削減
LSCALEデータスケーリング
精密化

Biso mean: 34.65 Å2 / % reflection Rfree: 5 % / SU ML: 0.1415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 12.7897 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5c9o

5c9o

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.84-33X-RAY DIFFRACTION0.13980.12130.12222265430064527199.9711.37
2.2-45.99NEUTRON DIFFRACTION0.22110.190611122223383.262
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2750 0 66 334 3150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01036680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.322511152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.96072382
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.01036680
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.322511152
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743499
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072938
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.96072382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.880.24581400.2122658X-RAY DIFFRACTION99.75
1.88-1.920.2031400.16432659X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.970.17861390.13952653X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.020.1531400.12932640X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.080.14351400.13312673X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.150.16361390.13582647X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.230.15711410.1262673X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.320.14291410.11572661X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.420.15491400.11872682X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.550.13571410.11692674X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.710.17461420.13052692X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.920.16131410.13212681X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.210.13751420.12622698X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.680.11281430.11642712X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.630.09511440.09082750X-RAY DIFFRACTION100
4.63-330.12781520.10912853X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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