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万見
- PDB-7b9z: Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9z
タイトルStructure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic SAFit analogue 35-(E)
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
キーワードISOMERASE / Inhibitor / Complex / SAFit / FKBP
機能・相同性
機能・相同性情報


Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidylprolyl isomerase / response to cocaine ...Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidylprolyl isomerase / response to cocaine / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding / protein-macromolecule adaptor activity / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...: / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
isothiocyanate / Chem-T58 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P. / Merz, S. / Voll, A. / Heymann, T. / Hausch, F.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HA5565-5/1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of High-Affinity Macrocyclic FKBP51 Inhibitors.
著者: Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P.L. / Merz, S. / Sugiarto, W.O. / Voll, A.M. / Heymann, T. / Hausch, F.
履歴
登録2020年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1795
ポリマ－14,2731
非ポリマー9054
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.039, 49.634, 71.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase


分子量: 14273.369 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T C103A C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-T58 / 2-cyclohexyl-12-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-25,26-dimethoxy-11,18,23-trioxa-4-azatetracyclo[22.3.1.113,17.04,9]nonacosa-1(27),13(29),14,16,20,24(28),25-heptaene-3,10-dione


分子量: 727.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H53NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IS8 / isothiocyanate / イソチオシアン酸


分子量: 59.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammoniumthiocyanat

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→71.2 Å / Num. obs: 25151 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
7.89-71.210.40.0272000.9990.0110.029
1.44-1.4613.41.60812020.8070.6531.737

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データ削減
XDSデータ収集
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tw7

4tw7


解像度: 1.44→35.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / WRfactor Rfree: 0.17 / WRfactor Rwork: 0.142 / SU B: 2.328 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9554 / Average fsc work: 0.9586 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1663 1218 4.851 %
Rwork0.1397 23890 -
all0.141 --
obs-25108 97.586 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.723 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.855 Å20 Å2-0 Å2
2---1.172 Å20 Å2
3---0.317 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→35.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数966 0 62 107 1135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0131170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0181129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.191.7051590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6911.6752621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0195153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.08622.95544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9115201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.261154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other1.6060.217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2010.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2370.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2420.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1810.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.5833.017582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.5773.007579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0554.492743
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0514.49744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.283.222588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.2743.227589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8024.679847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8034.685848
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.03436.3961315
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.00935.9441292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.84632299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.44-1.4770.287740.25117150.25318700.8330.84695.66840.244
1.477-1.5180.218800.20416630.20518130.9070.91496.1390.192
1.518-1.5620.188760.17416460.17517860.950.93996.41660.159
1.562-1.610.17850.14815670.14917080.9520.95896.72130.131
1.61-1.6620.223710.14115560.14516820.9370.95696.73010.125
1.662-1.7210.166850.1214790.12216120.9610.97197.02230.104
1.721-1.7850.137890.10414360.10615660.9770.9897.38190.091
1.785-1.8580.157760.09614190.09915300.9710.98197.71240.085
1.858-1.940.138590.10513540.10614420.9780.9897.98890.095
1.94-2.0350.156770.11812750.1213800.9720.97797.9710.111
2.035-2.1440.155580.11612390.11813250.9760.97997.88680.111
2.144-2.2740.112640.10911750.10912620.9850.98498.17750.105
2.274-2.430.144610.11311240.11411970.9790.98298.99750.11
2.43-2.6240.189530.12510360.12811060.9640.97998.46290.125
2.624-2.8730.158640.1369510.13710230.9720.97599.2180.14
2.873-3.2090.146370.1468920.1469390.9770.97698.9350.153
3.209-3.70.177370.1547910.1558320.9690.97399.51920.168
3.7-4.5190.17270.1346940.1367260.9770.97899.31130.159
4.519-6.3390.166240.1585500.1585770.9810.98199.48010.189
6.339-35.0020.241210.2143280.2163510.9620.96399.43020.251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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