PDB-7b9y: Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b9y

タイトル

Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic SAFit analogue 64a

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / Complex / SAFit / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P. / Merz, S. / Voll, A. / Heymann, T. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of High-Affinity Macrocyclic FKBP51 Inhibitors.
著者: Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P.L. / Merz, S. / Sugiarto, W.O. / Voll, A.M. / Heymann, T. / Hausch, F.

履歴

登録	2020年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b9y.cif.gz	123 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b9y.ent.gz	93.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7b9y_validation.pdf.gz	766 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b9y_full_validation.pdf.gz	767.9 KB	表示
XML形式データ	7b9y_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	7b9y_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a6wC 7a6xC 7awxC 7b9zC 7ba0C 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tx7-d 7b9z-d 6saf-d 6txx-2 3o5q-d 6tx9-d 6txx-1 4jfi-d 4jfk-d 4jfl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.510, 48.510, 105.935
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14273.369 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T C103A C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-T5B / 2-cyclohexyl-12-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl]-20,21-dihydroxy-25,26-dimethoxy-11,18,23-trioxa-4-azatetracyclo[22.3.1.113,17.04,9]nonacosa-1(27),13(29),14,16,24(28),25-hexaene-3,10-dione 分子量: 761.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₅₅NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→105.93 Å / Num. obs: 32570 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 21.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.39-105.93	15.8	0.043	259	0.999	0.014	0.045
1.35-1.37	16.1	1.499	1585	0.774	0.549	1.598

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ収集
Aimless	0.7.4	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4tw7

4tw7

解像度: 1.35→39.003 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / WR_factor R_free: 0.166 / WR_factor R_work: 0.139 / SU B: 1.45 / SU ML: 0.027 / Average fsc free: 0.9671 / Average fsc work: 0.9723 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1583	1623	4.992 %
R_work	0.1353	30892	-
all	0.137	-	-
obs	-	32515	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.188 Å²	0.094 Å²	0 Å²
2-	-	0.188 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	969	0	55	153	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.013	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.018	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.306	1.708	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.855	1.678	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.93	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.231	24.091	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.984	15	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.746	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.547	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.129	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.451	2.12	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.451	2.12	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.408	3.174	737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.405	3.173	738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.414	2.429	586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.41	2.428	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.198	3.488	848
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.196	3.487	849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.488	26.748	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.418	25.926	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.865	3	2283

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.35-1.385	0.196	122	0.211	2244	0.211	2377	0.944	0.936	99.5372	0.207
1.385-1.423	0.181	97	0.172	2231	0.172	2328	0.943	0.955	100	0.162
1.423-1.464	0.188	108	0.15	2092	0.152	2200	0.955	0.962	100	0.137
1.464-1.509	0.187	137	0.137	2049	0.14	2186	0.958	0.966	100	0.123
1.509-1.559	0.167	102	0.11	2030	0.113	2132	0.967	0.976	100	0.099
1.559-1.613	0.14	105	0.106	1948	0.108	2053	0.972	0.979	100	0.093
1.613-1.674	0.165	75	0.102	1893	0.104	1968	0.967	0.978	100	0.091
1.674-1.742	0.134	89	0.105	1811	0.107	1900	0.979	0.979	100	0.095
1.742-1.82	0.144	77	0.105	1748	0.107	1825	0.976	0.982	100	0.097
1.82-1.908	0.149	84	0.109	1687	0.111	1771	0.977	0.979	100	0.103
1.908-2.011	0.145	82	0.11	1599	0.112	1681	0.979	0.983	100	0.107
2.011-2.133	0.133	79	0.109	1507	0.11	1586	0.981	0.985	100	0.107
2.133-2.28	0.156	77	0.114	1434	0.116	1511	0.975	0.982	100	0.115
2.28-2.461	0.15	63	0.116	1336	0.117	1399	0.973	0.981	100	0.118
2.461-2.695	0.159	81	0.123	1222	0.125	1303	0.972	0.979	100	0.131
2.695-3.012	0.156	68	0.133	1117	0.135	1185	0.972	0.975	100	0.145
3.012-3.474	0.194	68	0.154	986	0.157	1055	0.963	0.974	99.9052	0.174
3.474-4.247	0.155	60	0.141	837	0.142	898	0.981	0.981	99.8886	0.169
4.247-5.97	0.095	32	0.157	696	0.154	728	0.989	0.983	100	0.199
5.97-39.003	0.301	17	0.235	425	0.237	443	0.947	0.958	99.7743	0.285

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