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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b9a | ||||||
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タイトル | CooS-V with Xe-soaked | ||||||
![]() | Carbon monoxide dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Hybrid cluster / HCP / CODH | ||||||
機能・相同性 | ![]() anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / peroxidase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jeoung, J.H. / Dobbek, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Morphing [4Fe-3S-nO]-Cluster within a Carbon Monoxide Dehydrogenase Scaffold. 著者: Jeoung, J.H. / Fesseler, J. / Domnik, L. / Klemke, F. / Sinnreich, M. / Teutloff, C. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 384.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 83.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 112.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 68287.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: cooSV, CHY_0034 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3AG28, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 97分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/XE.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/T2N.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/XE.gif)
![](data/chem/img/BR.gif)
![](data/chem/img/T2N.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | ChemComp-XE / #4: 化合物 | ChemComp-BR / #5: 化合物 | ChemComp-T2N / #6: 化合物 | #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.15 M KSCN and 16-20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 83046 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.952 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 34051 / CC1/2: 0.929 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7B7Q 解像度: 2.5→20 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 196.28 Å2 / Biso mean: 26.6662 Å2 / Biso min: 5.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→20 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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