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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b7u | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RPAP2 / RNA polymerase II / Nuclear import | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / RNA polymerase II, holoenzyme / snRNA transcription / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / RNA polymerase core enzyme binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...: / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / protein serine/threonine phosphatase activity => GO:0004722 / RNA polymerase II, holoenzyme / snRNA transcription / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / RNA polymerase core enzyme binding / snRNA transcription by RNA polymerase II / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein-serine/threonine phosphatase / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / core promoter sequence-specific DNA binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / euchromatin / fibrillar center / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa domesticus (ブタ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Fianu, I. / Dienemann, C. / Aibara, S. / Schilbach, S. / Cramer, P. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2. 著者: Isaac Fianu / Christian Dienemann / Shintaro Aibara / Sandra Schilbach / Patrick Cramer / 要旨: Nuclear import of RNA polymerase II (Pol II) involves the conserved factor RPAP2. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of mammalian Pol II in complex with human RPAP2 at 2. ...Nuclear import of RNA polymerase II (Pol II) involves the conserved factor RPAP2. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of mammalian Pol II in complex with human RPAP2 at 2.8 Å resolution. The structure shows that RPAP2 binds between the jaw domains of the polymerase subunits RPB1 and RPB5. RPAP2 is incompatible with binding of downstream DNA during transcription and is displaced upon formation of a transcription pre-initiation complex. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b7u.cif.gz | 594.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b7u.ent.gz | 470.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b7u_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b7u_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b7u_validation.xml.gz | 96.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b7u_validation.cif.gz | 146 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/7b7u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 6種, 6分子 ABCEFI
#1: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: I3LJR4, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 30997.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: P60899 |
-タンパク質 , 5種, 5分子 HJKLM
#6: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus |
#9: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus / 参照: UniProt: I3LN51 |
#11: タンパク質 | 分子量: 69614.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPAP2, C1orf82 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q8IXW5, protein-serine/threonine phosphatase |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 7分子 N
#12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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#13: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 2.21 sec. / 電子線照射量: 42.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3942: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1556776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 364771 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5FLM PDB chain-ID: A | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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