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万見
- PDB-7b7o: Solution structure of A. thaliana core TatA in DHPC micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b7o
タイトルSolution structure of A. thaliana core TatA in DHPC micelles
要素Sec-independent protein translocase protein TATA, chloroplastic
キーワードMEMBRANE PROTEIN / twin-arginine translocase / micelles / bitopic membrane protein / amphiphilic helix
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport within lipid bilayer / TAT protein transport complex / protein transport by the Tat complex / chloroplast envelope / chloroplast thylakoid membrane / protein homooligomerization / membrane
類似検索 - 分子機能
Sec-independent protein translocase protein TatA/B/E / Sec-independent protein translocase protein TatA/E / mttA/Hcf106 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sec-independent protein translocase protein TATA, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pettersson, P. / Ye, W. / Jakob, M. / Tannert, F. / Klosgen, R.B. / Maler, L.
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council621-2014-3706 スウェーデン
German Research Foundation (DFG)KL 862/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: FEBS J / 年: 2018
タイトル: Structure and dynamics of plant TatA in micelles and lipid bilayers studied by solution NMR.
著者: Pettersson, P. / Ye, W. / Jakob, M. / Tannert, F. / Klosgen, R.B. / Maler, L.
履歴
登録2020年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sec-independent protein translocase protein TATA, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5361
ポリマ－5,5361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5580 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Sec-independent protein translocase protein TATA, chloroplastic / Protein THYLAKOID ASSEMBLY 4 / Protein TWIN-ARGININE TRANSLOCATION A


分子量: 5535.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TATA, THA4, At5g28750, T32B20.e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LKU2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D CBCANH
141isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HNCO
191isotropic13D HN(CA)CO
1101isotropic13D 1H-15N NOESY
1171isotropic13D 1H-13C NOESY
1111isotropic13D 1H-15N TOCSY
1161isotropic43D 1H-15N TOCSY
1121isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic13D C(CO)NH
1141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1152isotropic33D HNHA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
micelle1200 uM [U-13C; U-15N] core AthTatA, 120 mM NA DHPC-d22, 20 mM NA sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
micelle2200 uM [U-15N] core AthTatA, 120 mM NA DHPC-d22, 20 mM NA sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMcore AthTatA[U-13C; U-15N]1
120 mMDHPC-d22NA1
20 mMsodium phosphateNA1
200 uMcore AthTatA[U-15N]2
120 mMDHPC-d22NA2
20 mMsodium phosphateNA2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert P.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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