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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b5u | |||||||||
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タイトル | RCK_C domain dimer of S.agalactiae BusR in complex with c-di-AMP | |||||||||
![]() | GntR family transcriptional regulator | |||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / effector binding domain / RCK_C | |||||||||
機能・相同性 | ![]() monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / DNA-binding transcription factor activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bandera, A.M. / Witte, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: BusR senses bipartite DNA binding motifs by a unique molecular ruler architecture. 著者: Adrian M Bandera / Joseph Bartho / Katja Lammens / David Jan Drexler / Jasmin Kleinschwärzer / Karl-Peter Hopfner / Gregor Witte / ![]() 要旨: The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with ...The cyclic dinucleotide second messenger c-di-AMP is a major player in regulation of potassium homeostasis and osmolyte transport in a variety of bacteria. Along with various direct interactions with proteins such as potassium channels, the second messenger also specifically binds to transcription factors, thereby altering the processes in the cell on the transcriptional level. We here describe the structural and biochemical characterization of BusR from the human pathogen Streptococcus agalactiae. BusR is a member of a yet structurally uncharacterized subfamily of the GntR family of transcription factors that downregulates transcription of the genes for the BusA (OpuA) glycine-betaine transporter upon c-di-AMP binding. We report crystal structures of full-length BusR, its apo and c-di-AMP bound effector domain, as well as cryo-EM structures of BusR bound to its operator DNA. Our structural data, supported by biochemical and biophysical data, reveal that BusR utilizes a unique domain assembly with a tetrameric coiled-coil in between the binding platforms, serving as a molecular ruler to specifically recognize a 22 bp separated bipartite binding motif. Binding of c-di-AMP to BusR induces a shift in equilibrium from an inactivated towards an activated state that allows BusR to bind the target DNA, leading to transcriptional repression. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 992.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 992.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7b5tSC ![]() 7b5wC ![]() 7b5yC ![]() 7oz3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9014.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G133 results from N-terminal tag 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BM110_ORF1201, AX245_01365, C6N10_09995, F5043_05515, GD434_05225, RDF_1124 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-2BA / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM Na-acetate, 3% (w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→17.67 Å / Num. obs: 41497 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 11.49 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 33.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 14.86 / Num. unique obs: 2859 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7B5T 解像度: 1.2→17.67 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 14.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.48 Å2 / Biso mean: 12.8787 Å2 / Biso min: 4.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→17.67 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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