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- PDB-7b4s: Structure of the 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b4s
タイトルStructure of the 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium abscessus in complex with Coenzyme A and compound 153786 from the NCI Open Database
要素Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
キーワードTRANSFERASE / mycobacterium abscessus 4'-phosphopantetheinyl transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / : / Chem-P62 / Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Maveyraud, L. / Carivenc, C. / Mourey, L.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR 16 CE18 0011 01 フランス
Other privateVLM RF 20140501019 フランス
Other privateVLM FR 20160501623 フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Phosphopantetheinyl transferase binding and inhibition by amidino-urea and hydroxypyrimidinethione compounds.
著者: Carivenc, C. / Maveyraud, L. / Blanger, C. / Ballereau, S. / Roy-Camille, C. / Nguyen, M.C. / Genisson, Y. / Guilhot, C. / Chalut, C. / Pedelacq, J.D. / Mourey, L.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6625
ポリマ－25,4321
非ポリマー1,2304
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomeric
  • monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.838, 83.318, 56.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-692-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase


分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
遺伝子: MAB_3117c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73
#2: 化合物 ChemComp-P62 / 5-[(4-chlorophenyl)methyl]-6-[[2-(dimethylamino)ethylamino]methyl]-4-oxidanyl-1~{H}-pyrimidine-2-thione


分子量: 352.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21ClN4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M LiSO4 0.1 M MES pH 6.5 20 % (w/v) PEG8K 1 nmol NCI-P62 (dry compound)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→46.53 Å / Num. obs: 115854 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.068 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allRsym value% possible all
1.38-1.483.20.63220910.3932.0171.68499.5
1.48-1.63.41.57196530.8260.8940.07599.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180126data processing
DIMPLE位相決定
Coot0.9モデル構築
XSCALEデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6QYG

6qyg


解像度: 1.38→46.53 Å / SU ML: 0.2531 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 28.4779
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 5833 5.08 %
Rwork0.1685 109010 -
obs0.1699 114843 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→46.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1670 0 52 324 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01251901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39712624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1049291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4312716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.40.54881770.54632934X-RAY DIFFRACTION78.84
1.4-1.410.53261860.51383161X-RAY DIFFRACTION85.93
1.41-1.430.51171960.48313354X-RAY DIFFRACTION91.4
1.43-1.450.51871830.46273576X-RAY DIFFRACTION96.46
1.45-1.470.49532110.41943656X-RAY DIFFRACTION99.69
1.47-1.490.42841720.39973708X-RAY DIFFRACTION99.59
1.49-1.510.33462300.36663675X-RAY DIFFRACTION99.82
1.51-1.530.34641760.3523725X-RAY DIFFRACTION99.59
1.53-1.550.30071830.32323702X-RAY DIFFRACTION99.46
1.55-1.580.32392050.30443682X-RAY DIFFRACTION99.51
1.58-1.610.33611960.26393693X-RAY DIFFRACTION99.64
1.61-1.640.27851640.22513675X-RAY DIFFRACTION99.64
1.64-1.670.25161970.21493691X-RAY DIFFRACTION99.41
1.67-1.70.27061870.19463734X-RAY DIFFRACTION99.54
1.7-1.740.22741800.17033737X-RAY DIFFRACTION99.85
1.74-1.780.21091810.1573646X-RAY DIFFRACTION99.77
1.78-1.820.20531980.153711X-RAY DIFFRACTION99.82
1.82-1.870.21812040.14613691X-RAY DIFFRACTION99.77
1.87-1.930.18782360.16113653X-RAY DIFFRACTION99.85
1.93-1.990.21131610.14823724X-RAY DIFFRACTION99.9
1.99-2.060.17812100.14253694X-RAY DIFFRACTION99.57
2.06-2.140.15532070.14013649X-RAY DIFFRACTION99.08
2.14-2.240.20342170.14243696X-RAY DIFFRACTION99.82
2.24-2.360.1911950.14773662X-RAY DIFFRACTION99.74
2.36-2.510.16681670.1383752X-RAY DIFFRACTION99.75
2.51-2.70.15992330.14183649X-RAY DIFFRACTION99.59
2.7-2.970.19192050.14993684X-RAY DIFFRACTION99.49
2.97-3.40.17371780.15173688X-RAY DIFFRACTION99.54
3.4-4.280.1612020.14613698X-RAY DIFFRACTION99.9
4.29-46.530.14681960.15143710X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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