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- PDB-7b4j: Thermostable omega transaminase PjTA-R6 variant W58M/F86L/R417L e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b4j
タイトルThermostable omega transaminase PjTA-R6 variant W58M/F86L/R417L engineered for asymmetric synthesis of enantiopure bulky amines
要素Aspartate aminotransferase family protein
キーワードTRANSFERASE / Aminotransferase / Transaminase / Amines synthesis / Enantioselective / Thermostable / Engineered
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / SUCCINIC ACID / Aspartate aminotransferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Janssen, D.B.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)722610 オランダ
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Computational Redesign of an omega-Transaminase from Pseudomonas jessenii for Asymmetric Synthesis of Enantiopure Bulky Amines.
著者: Meng, Q. / Ramirez-Palacios, C. / Capra, N. / Hooghwinkel, M.E. / Thallmair, S. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.W.H. / Wijma, H.J. / Marrink, S.J. / Janssen, D.B.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase family protein
B: Aspartate aminotransferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8645
ポリマ－101,2502
非ポリマー6143
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12020 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area28210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.822, 97.822, 118.716
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 454 / Label seq-ID: 7 - 454

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase family protein


分子量: 50624.773 Da / 分子数: 2 / 変異: W58M, F86L, R417L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: CMK94_18730, DIU04_17820 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D8IND4
#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Drop were prepared by mixing 1ul of protein solution (~10 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 20 uM PLP buffer ) with 1ul of reservoir solution. The reservoir contained 0.7-1M ...詳細: Drop were prepared by mixing 1ul of protein solution (~10 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, and 20 uM PLP buffer ) with 1ul of reservoir solution. The reservoir contained 0.7-1M Succinic acid pH 7.6. Crystals formed after 48h.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50.8 Å / Num. obs: 87797 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.934.90.7372202844590.70.3680.8261.8100
10.23-50.754.70.017283359810.0090.01959.899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS1.14.13data processing
Coot0.9.2モデル構築
REFMAC5.8.0258位相決定
xia2data processing
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→50.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.402 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 4254 4.8 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1792 83494 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.33 Å2 / Biso mean: 33.469 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6901 0 40 398 7339
Biso mean--42.58 39.45 -
残基数----901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137123
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.6339658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3991.56615372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8995905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79922.816348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.902151166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9571536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021452
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14515 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 328 -
Rwork0.28 6146 -
all-6474 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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