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- PDB-7b39: Allene-Based Design of a Noncalcemic Vitamin D Receptor Agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b39
タイトルAllene-Based Design of a Noncalcemic Vitamin D Receptor Agonist
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Vitamin D3 receptor A
キーワードGENE REGULATION / vitamin d receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / vitamin D response element binding / lithocholic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose ...heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / vitamin D response element binding / lithocholic acid binding / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / hematopoietic stem cell proliferation / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / heart looping / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / calcium ion homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / ossification / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / hippocampus development / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / cell differentiation / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-T0H / Nuclear receptor coactivator 1 / Vitamin D3 receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Rochel, N.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis, Evaluation and Structure of Allenic 1 alpha ,25-Dihydroxyvitamin D 3 Analogs with Locked Mobility at C-17.
著者: Fraga, R. / Len, K. / Lutzing, R. / Laverny, G. / Loureiro, J. / Maestro, M.A. / Rochel, N. / Rodriguez-Borges, E. / Mourino, A.
履歴
登録2020年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3084
ポリマ－35,8372
非ポリマー4722
水1,26170
1
A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子

A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6178
ポリマ－71,6734
非ポリマー9434
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area4700 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.250, 66.250, 264.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor A / VDR-A / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor A / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1-A


分子量: 34060.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: vdra, nr1i1a, vdr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTN2
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1776.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-T0H / (1R,3S,Z)-5-(2-((3aS,7aS,E)-1-(6-hydroxy-6-methylhept-1-en-1-ylidene)-7a-methyloctahydro-4H-inden-4-ylidene)ethylidene)-4-methylenecyclohexane-1,3-diol / (1~{R},3~{S},5~{Z})-5-[(2~{E})-2-[(3~{a}~{S},7~{a}~{S})-7~{a}-methyl-1-(6-methyl-6-oxidanyl-hept-1-enylidene)-2,3,3~{a},5,6,7-hexahydroinden-4-ylidene]ethylidene]-4-methylidene-cyclohexane-1,3-diol


分子量: 412.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H40O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM BisTris pH 6.5, 1.6 M lithium sulfate and 50 mM magnesium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→24.9 Å / Num. obs: 20242 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 52.35 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 33.05
反射 シェル解像度: 2.13→2.206 Å / Num. unique obs: 1921 / CC1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HC4

2hc4


解像度: 2.13→24.9 Å / SU ML: 0.2512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.2597
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1980 9.82 %
Rwork0.2013 18179 -
obs0.2058 20159 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→24.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 34 70 2131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45472879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0354323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1973829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.180.34821310.31511204X-RAY DIFFRACTION96.46
2.18-2.240.36531370.29041258X-RAY DIFFRACTION97.89
2.24-2.30.33151360.27581255X-RAY DIFFRACTION98.17
2.3-2.380.32641370.251258X-RAY DIFFRACTION98.66
2.38-2.460.31761370.25661265X-RAY DIFFRACTION98.66
2.46-2.560.3071370.24161261X-RAY DIFFRACTION98.45
2.56-2.680.3671390.24381269X-RAY DIFFRACTION99.02
2.68-2.820.29821400.23891287X-RAY DIFFRACTION99.58
2.82-30.26471430.24411309X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.230.25671420.24091299X-RAY DIFFRACTION99.79
3.23-3.550.28541420.22261312X-RAY DIFFRACTION99.73
3.55-4.060.21671480.18351346X-RAY DIFFRACTION99.8
4.06-5.110.20971490.15611372X-RAY DIFFRACTION99.93
5.12-24.90.2151620.17781484X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.65579882494-1.88589206524-2.253146939066.292596687624.65153346229.335196556320.138888616318-0.8764852024511.105942653940.364113919927-0.167375697380.143577161715-1.21382341172-0.02678922689740.1354909929910.595244373597-0.08506940688880.08001538817050.765497437802-0.282353300820.703343239849-39.509854183839.87140165417.10138313687
22.17087075564-2.98357130133-2.784656443494.113038153043.94656695264.630380518450.6230966125390.243158895274-0.418536001657-0.319680950815-1.600943434081.82334235712-0.96390883174-1.915017565990.8236288907770.542430170735-0.1225896396120.1053410537990.86143413429-0.1758664454860.649819660658-41.921693491323.3546208979-10.9627235752
31.96751447367-0.5949896550071.405534800849.557249905151.683311809257.778582796420.308625281490.333173355149-1.104894841840.340205749517-0.5215456004320.3474581974380.7908204682990.1323281860510.2376394428860.598750481894-0.06820977890750.05153761375230.580622673463-0.09631387190750.587954946546-30.923703206711.4005872738-16.7474948243
44.051296399880.92681040383-1.642004311675.679544814412.727031951188.463496894250.26863363169-0.3837040654950.376355861480.187735608985-0.00992433116109-0.055052071175-0.3583998732870.409433786011-0.2523644179530.326926357465-0.0547696308410.03469908982550.479583957864-0.07597100237130.370679662674-28.3974183130.8747986099-5.97537494446
54.88855708691-1.32946845403-1.508573836493.667113645022.403419641062.80895924851-0.261235479544-0.414541389683-0.6208023474970.35175168406-0.1306147498620.3767687660821.37046050056-0.553133777360.4615398334950.915383848231-0.11498022080.1393589772640.6456358654230.07280360852860.586137742902-32.277893653812.3431555854-1.31365578229
68.34178067146-0.286404303396-3.78093683754.294235402660.6894509980387.83941277008-0.0481699273789-0.8478664870130.758323005813-0.007372070764640.341643896234-0.145600651862-0.1205340101630.978071158782-0.2004631804460.583178987403-0.139839274899-0.01031407291110.80179025872-0.1562175069040.379780331647-28.295493656432.37506469065.03324636237
78.639147435781.32891678728-3.893636193056.031862922570.5395143404397.797627837670.42701640637-2.02443746930.835849852060.692577533944-0.16732092892-0.0551869290351-0.7743562452721.40496165759-0.09229096008520.758204229049-0.200606493997-0.002451404966361.14034857776-0.2763574018790.557893726005-30.077299160237.317810638812.8978395309
87.99165146392-3.08254595427-5.763259111584.015725424433.257923762454.5532541277-0.175932739112-2.18880649768-0.2320758307420.7443839765610.387143265475-0.05505635136480.1594182686131.9576312481-0.235685107480.5902900305270.00734025270579-0.09970340381650.861902436508-0.003968095956580.467378480069-22.197671159221.95181644934.20847084579
99.06787674552-2.86367627717-2.464612248768.844188076982.572132675365.32823259895-0.0677223373974-0.189389557052-0.01497818973550.5693484224360.310731065222-0.8075941837210.3901466433540.74240853447-0.2565353172070.6104405458120.0444913931844-0.01436422159360.5787286102-0.0536556626920.43771323628-18.757553297822.9647957009-16.3886893691
102.88595253697-4.53133792799-1.688804314567.509978235923.567374643974.76255709633-0.1328497721080.4156538077110.791833573947-0.284442017860.2473459457040.453699446728-1.489006062660.97619272661-0.1529709567820.85265639574-0.05244591073530.07296451129620.668418132261-0.03951863202940.738944095415-24.501653843838.5792321565-15.4968317041
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1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 154 through 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 184 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 185 through 254 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 255 through 305 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 306 through 351 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 352 through 376 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 377 through 401 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 402 through 431 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 432 through 453 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 686 through 696 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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