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- PDB-7b2d: Complement inhibitor CirpA1 from Rhipicephalus pulchellus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2d
タイトルComplement inhibitor CirpA1 from Rhipicephalus pulchellus
要素CirpA1
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick
機能・相同性D-MALATE
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus pulchellus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust219477 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 554-2019 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin.
著者: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CirpA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7003
ポリマ－20,4321
非ポリマー2682
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area9210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)72.676, 45.806, 57.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CirpA1


分子量: 20431.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus pulchellus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M imidazole malate, pH 6, 30% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→45.07 Å / Num. obs: 14374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.317 / Num. unique obs: 1047 / CC1/2: 0.571

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5精密化
PHENIX1.18rc4_3812精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZUI

3zui


解像度: 1.96→45.07 Å / SU ML: 0.2458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.4171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 718 5.02 %
Rwork0.1927 13579 -
obs0.1941 14297 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1261 0 18 116 1395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88731793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9517487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.110.30671500.27582612X-RAY DIFFRACTION97.84
2.11-2.320.26511170.23412699X-RAY DIFFRACTION99.65
2.32-2.660.26621300.2152695X-RAY DIFFRACTION99.65
2.66-3.350.22271450.18912732X-RAY DIFFRACTION99.86
3.35-45.070.18431760.16292841X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.685029618940.96596719260.699332192834.223073558810.4013832695376.33402924716-0.00453044264013-0.234282573738-0.4179811976940.108153597808-0.165751364622-0.5505099179550.6652275833660.5857967983120.1012696797080.1822845465420.0688131711150.0008384777527810.2532366122390.1046116006330.29337481119116.39193830429.8334974893910.363369754
27.867723826022.1532407725-3.985894800213.68433083278-4.585837926052.631660510970.0234712294319-0.474555304571-0.06415505064240.210731020453-0.164398428511-0.08244405509020.117192164197-0.06130888563870.1193589298890.1712030967910.00275797796195-0.0008332370388440.1365992635790.004873648399060.1669188082346.4574662920411.587876958811.0204944318
33.41825205125-0.882607326340.1343056872654.67055514324-0.08057898702994.073129369440.00684185779994-0.00513178858785-0.245919946975-0.333163061055-0.233168107589-0.7122324217420.2118434203190.6700969108520.1494276709190.1766364854830.05167463461460.06620357180060.2240296961720.09056539437380.27650132930219.949982417715.04561709133.84954077993
43.18794997488-0.4920016715595.332873625476.24742668748-5.258409031744.19030484057-0.46060587206-0.6364580088480.392615134531.126529862550.2778782862450.456772069472-0.745409580581-0.4440684918020.08876590911250.3544484249210.04345009168830.06329503002760.3624179698230.02379797575590.28985050160314.06446542723.952326370910.8048538687
56.363535491722.80196095275-2.361213753874.304119468511.206094768432.741222727731.51481675628-1.83508873058-1.256458963711.996381464651.02932989757-0.8086821027051.232515949473.48745775352-0.2215271623840.7390328902810.565896095257-0.262720241344-0.04963070874461.144601126030.44904418509324.25198302365.1218697972421.7113138553
67.78465963057-8.57472947844-2.298653440979.350305628962.249902081282.19352270608-0.417981356234-0.8415255377260.287735501874-0.3854162140430.428959609878-1.52154725445-0.6522061602931.520797042450.05765759323610.399657944095-0.197821188059-0.1146711876140.7229527529470.1492797005020.48418450153430.215439070920.115008721915.9342746095
77.34361135025.38938507713-3.09289980882.38849084633-5.894518892028.723844000051.25740699515-1.085878562590.1219844893182.17563578535-0.759110728130.474112263418-0.5100711714490.264679213838-0.2166574219290.441393709965-0.0637504092202-0.07327210532450.6080515315040.07276689087380.30378028860516.870984587616.177864363923.5473792163
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 48 through 85 )48 - 851 - 39
22chain 'A' and (resid 86 through 109 )86 - 10940 - 63
33chain 'A' and (resid 110 through 151 )110 - 15164 - 105
44chain 'A' and (resid 152 through 165 )152 - 165106 - 119
55chain 'A' and (resid 166 through 176 )166 - 176120 - 130
66chain 'A' and (resid 177 through 189 )177 - 189131 - 143
77chain 'A' and (resid 190 through 203 )190 - 203144 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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