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万見
- PDB-7b2b: Solution structure of a non-covalent extended docking domain comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2b
タイトルSolution structure of a non-covalent extended docking domain complex of the Pax NRPS: PaxA T1-CDD/PaxB NDD
要素
  • Amino acid adenylation domain-containing protein
  • Peptide synthetase PaxA
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing) / phenylalanine racemase (ATP-hydrolyzing) activity / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / catalytic activity / phosphopantetheine binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid adenylation domain-containing protein / Peptide synthetase PaxA
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus cabanillasii (バクテリア)
Xenorhabdus cabanillasii JM26 (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / molecular dynamics
データ登録者Watzel, J. / Sarawi, S. / Duchardt-Ferner, E. / Bode, H.B. / Woehnert, J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Cooperation between a T Domain and a Minimal C-Terminal Docking Domain to Enable Specific Assembly in a Multiprotein NRPS.
著者: Watzel, J. / Duchardt-Ferner, E. / Sarawi, S. / Bode, H.B. / Wohnert, J.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Amino acid adenylation domain-containing protein
A: Peptide synthetase PaxA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5932
ポリマ－15,5932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8290 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amino acid adenylation domain-containing protein / Peptide synthetase XpsB (Modular protein)


分子量: 3616.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: a non-native tyrosine residue was added to the C-terminus of the PaxB NDD for an accurate determination of the protein sample concentration
由来: (組換発現) Xenorhabdus cabanillasii (バクテリア)
遺伝子: BDD26_3339 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3D9UGN9
#2: タンパク質 Peptide synthetase PaxA


分子量: 11976.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: non-covalent complex of PaxA T1-Cdd 981-1084/PaxB Ndd 1-30
由来: (組換発現) Xenorhabdus cabanillasii JM26 (バクテリア)
遺伝子: paxA, XCR1_180002 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: W1J0W9, phenylalanine racemase (ATP-hydrolysing)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic12D 1H-15N HSQC
1133isotropic13D HNCO
1123isotropic13D HNCA
1193isotropic33D HBHA(CO)NH
1183isotropic33D CBCA(CO)NH
1173isotropic33D (H)CCH-COSY
1223isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1213isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1163isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1113isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1153isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1103isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1144isotropic22D 1H-15N HSQC
1304isotropic23D HNCO
1294isotropic23D HN(CA)CB
1274isotropic33D HBHA(CO)NH
1284isotropic33D CBCA(CO)NH
1264isotropic33D (H)CCH-COSY
1254isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1244isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
1314isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1234isotropic52D 1H-13C HSQC aromatic
1334isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
125isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
185isotropic43D 1H-13C-filtered NOESY aliphatic
136isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
196isotropic43D 1H-13C-filtered NOESY aliphatic
141isotropic13D 1H-15N NOESY
172isotropic23D 1H-15N NOESY
157isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
168isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-15N] PaxA T1-CDD, 360 uM PaxB NDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O15N_PaxA T1-CDD/PaxB NDD95% H2O/5% D2O
solution2300 uM [U-15N] PaxB NDD, 360 uM PaxA T1-CDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O15N_PaxB NDD/PaxA T1-CDD95% H2O/5% D2O
solution3300 uM [U-13C; U-15N] PaxA T1-CDD, 360 uM PaxB NDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O15N,13C_PaxA T1-CDD/PaxB NDD95% H2O/5% D2O
solution7300 uM [U-10% 13C; U-15N] PaxA T1-CDD, 360 uM PaxB NDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O15N,13C_stereo_PaxA T1-CDD/PaxB NDD95% H2O/5% D2O
solution5300 uM [U-13C; U-15N] PaxA T1-CDD, 360 uM PaxB NDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 100% D2O15N,13C_D2O_PaxA T1-CDD/PaxB NDD100% D2O
solution4300 uM [U-13C; U-15N] PaxB NDD, 360 uM PaxA T1-CDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O15N,13C_PaxB NDD/PaxA T1-CDD95% H2O/5% D2O
solution8150 uM [U-10% 13C; U-15N] PaxB NDD, 180 uM [U-15N] PaxA T1-CDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 95% H2O/5% D2O15N,13C_stereo_PaxB NDD/PaxA T1-CDD95% H2O/5% D2O
solution6300 uM [U-13C; U-15N] PaxB NDD, 360 uM PaxA T1-CDD, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 5 % [U-2H] D2O, 100 uM DSS, 100% D2O15N,13C_D2O_PaxB NDD/PaxA T1-CDD100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMPaxA T1-CDD[U-15N]1
360 uMPaxB NDDnatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
5 %D2O[U-2H]1
100 uMDSSnatural abundance1
300 uMPaxB NDD[U-15N]2
360 uMPaxA T1-CDDnatural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
5 %D2O[U-2H]2
100 uMDSSnatural abundance2
300 uMPaxA T1-CDD[U-13C; U-15N]3
360 uMPaxB NDDnatural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance3
5 %D2O[U-2H]3
100 uMDSSnatural abundance3
300 uMPaxA T1-CDD[U-10% 13C; U-15N]7
360 uMPaxB NDDnatural abundance7
50 mMsodium phosphatenatural abundance7
100 mMsodium chloridenatural abundance7
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance7
5 %D2O[U-2H]7
100 uMDSSnatural abundance7
300 uMPaxA T1-CDD[U-13C; U-15N]5
360 uMPaxB NDDnatural abundance5
50 mMsodium phosphatenatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance5
5 %D2O[U-2H]5
100 uMDSSnatural abundance5
300 uMPaxB NDD[U-13C; U-15N]4
360 uMPaxA T1-CDDnatural abundance4
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance4
5 %D2O[U-2H]4
100 uMDSSnatural abundance4
150 uMPaxB NDD[U-10% 13C; U-15N]8
180 uMPaxA T1-CDD[U-15N]8
50 mMsodium phosphatenatural abundance8
100 mMsodium chloridenatural abundance8
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance8
5 %D2O[U-2H]8
100 uMDSSnatural abundance8
300 uMPaxB NDD[U-13C; U-15N]6
360 uMPaxA T1-CDDnatural abundance6
50 mMsodium phosphatenatural abundance6
100 mMsodium chloridenatural abundance6
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance6
5 %D2O[U-2H]6
100 uMDSSnatural abundance6
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6003
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9004
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9505

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.2Bruker Biospinデータ解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALpKoradi, Billeter and Guntert精密化
精密化
手法ソフトェア番号
torsion angle dynamics4
molecular dynamics5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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