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- PDB-7b22: Vibrio cholerae ParD2 Antitoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b22
タイトルVibrio cholerae ParD2 Antitoxin
要素Antitoxin ParD
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Prokaryotic Toxin-Antitoxin System / intrinsically disordered proteins / RHH protein / transcriptional repressor / Antitoxin
機能・相同性Bacterial antitoxin of ParD toxin-antitoxin type II system and RHH / Antitoxin ParD / Antitoxin ParD superfamily / detoxification / toxin sequestering activity / Ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Antitoxin ParD
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Garcia-Rodriguez, G. / Loris, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Entropic pressure controls the oligomerization of the Vibrio cholerae ParD2 antitoxin.
著者: Garcia-Rodriguez, G. / Girardin, Y. / Volkov, A.N. / Singh, R.K. / Muruganandam, G. / Van Dyck, J. / Sobott, F. / Versees, W. / Charlier, D. / Loris, R.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin ParD
B: Antitoxin ParD
C: Antitoxin ParD
D: Antitoxin ParD
E: Antitoxin ParD
F: Antitoxin ParD
G: Antitoxin ParD
H: Antitoxin ParD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7828
ポリマ－71,7828
非ポリマー00
水00
1
A: Antitoxin ParD
B: Antitoxin ParD
C: Antitoxin ParD
D: Antitoxin ParD
E: Antitoxin ParD
F: Antitoxin ParD
G: Antitoxin ParD
H: Antitoxin ParD

A: Antitoxin ParD
B: Antitoxin ParD
C: Antitoxin ParD
D: Antitoxin ParD
E: Antitoxin ParD
F: Antitoxin ParD
G: Antitoxin ParD
H: Antitoxin ParD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,56516
ポリマ－143,56516
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area36530 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area32000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.010, 101.700, 107.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Antitoxin ParD


分子量: 8972.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: parD, VC_A0360.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P58093

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M MES pH 6 and 20 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→45.95 Å / Num. obs: 8845 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1738 / Net I/σ(I): 7.36
反射 シェル解像度: 3.08→3.19 Å / Rmerge(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 842 / CC1/2: 0.383

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3kxe

3kxe


解像度: 3.08→45.95 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2996 442 5 %
Rwork0.2706 8398 -
obs0.2721 8840 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.24 Å2 / Biso mean: 84.5736 Å2 / Biso min: 52.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.08→45.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2856 0 0 0 2856
残基数----392
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.08-3.530.34291440.31692735287999
3.53-4.440.28811470.288927812928100
4.45-45.950.29351510.248128823033100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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