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- PDB-7b21: The X183 domain from Cellvibrio japonicus Cbp2D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b21
タイトルThe X183 domain from Cellvibrio japonicus Cbp2D
要素Carbohydrate binding protein, putative, cbp2D
キーワードELECTRON TRANSPORT / X183 / c-type cytochrome / Cbp2D / Cellvibrio japonicus
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1587 / Domain of unknown function DUF1588 / Domain of unknown function DUF1592 / Domain of unknown function DUF1595 / Protein of unknown function (DUF1587) / Protein of unknown function (DUF1588) / Protein of unknown function (DUF1592) / Protein of unknown function (DUF1595) / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily ...Domain of unknown function DUF1587 / Domain of unknown function DUF1588 / Domain of unknown function DUF1592 / Domain of unknown function DUF1595 / Protein of unknown function (DUF1587) / Protein of unknown function (DUF1588) / Protein of unknown function (DUF1592) / Protein of unknown function (DUF1595) / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like / Lipid/polyisoprenoid-binding, YceI-like superfamily / YceI-like domain / YceI-like domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Carbohydrate binding protein, putative, cbp2D
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Branch, J. / Hemsworth, G.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N019970/1 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: C-type cytochrome-initiated reduction of bacterial lytic polysaccharide monooxygenases.
著者: Branch, J. / Rajagopal, B.S. / Paradisi, A. / Yates, N. / Lindley, P.J. / Smith, J. / Hollingsworth, K. / Turnbull, W.B. / Henrissat, B. / Parkin, A. / Berry, A. / Hemsworth, G.R.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年9月29日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _atom_site.calc_flag / _citation.journal_volume ..._atom_site.calc_flag / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Carbohydrate binding protein, putative, cbp2D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4055
ポリマ－10,6401
非ポリマー7664
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.509, 55.376, 55.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Carbohydrate binding protein, putative, cbp2D


分子量: 10639.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (strain Ueda107) (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: cbp2D, CJA_2616 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3PLJ6
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v PEG 4000, 10% w/v propan-2-ol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→55.85 Å / Num. obs: 28435 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 48.3
反射 シェル

CC1/2: 0.99 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all
1.2-1.2260.08813520.0570.105
6.57-55.854.80.0462280.0320.056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.6.2データ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→39.356 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.133 / WRfactor Rwork: 0.117 / SU B: 0.625 / SU ML: 0.013 / Average fsc free: 0.9838 / Average fsc work: 0.9872 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1279 1404 4.945 %
Rwork0.1124 26986 -
all0.113 --
obs-28390 99.923 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 11.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.098 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.262 Å20 Å2
3----0.164 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数715 0 52 117 884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.013813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.018698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.751120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8521.6431591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.215599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.67321.250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.98915111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg16.384152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.522158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.02975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0260.02221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0920.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.261
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3080.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.2751.079375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.2741.071374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.1211.54469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.1171.547470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0731.09438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0731.093439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4841.561647
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4821.565648
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.99512.3251029
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.99512.3541030
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.94231511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.2310.1231190.0891941X-RAY DIFFRACTION99.4689
1.231-1.2650.144890.0851898X-RAY DIFFRACTION99.8493
1.265-1.3020.121930.081872X-RAY DIFFRACTION99.9491
1.302-1.3420.101920.0761796X-RAY DIFFRACTION100
1.342-1.3860.114990.0721760X-RAY DIFFRACTION100
1.386-1.4340.1031050.0761687X-RAY DIFFRACTION100
1.434-1.4880.106960.0741639X-RAY DIFFRACTION99.9424
1.488-1.5490.103880.0761581X-RAY DIFFRACTION100
1.549-1.6180.101920.0781505X-RAY DIFFRACTION100
1.618-1.6970.105670.0811478X-RAY DIFFRACTION100
1.697-1.7880.106610.0831419X-RAY DIFFRACTION100
1.788-1.8970.115740.0991314X-RAY DIFFRACTION99.928
1.897-2.0270.118550.1071241X-RAY DIFFRACTION100
2.027-2.190.126740.1141159X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.3980.132480.1121093X-RAY DIFFRACTION100
2.398-2.6810.164450.126974X-RAY DIFFRACTION100
2.681-3.0940.117360.14894X-RAY DIFFRACTION100
3.094-3.7870.201330.145754X-RAY DIFFRACTION100
3.787-5.3430.144320.161599X-RAY DIFFRACTION100
5.343-39.3560.19960.239382X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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