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- PDB-7b1z: Virulence-associated protein VapB from the intracellular pathogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b1z
タイトルVirulence-associated protein VapB from the intracellular pathogen Rhodococcus equi
要素Virulence associated protein VapB
キーワードTOXIN / BETA BARREL / CONFORMATIONAL CHANGE / LIGAND BINDING SITE / VIRULENCE FACTOR
機能・相同性Rhodococcus equi virulence-associated protein / Rhodococcus equi virulence-associated superfamily / Rhodococcus equi virulence-associated protein / NITRATE ION / Virulence associated protein VapB
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus hoagii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Geerds, C. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Conformational changes of loops highlight a potential binding site in Rhodococcus equi VapB.
著者: Geerds, C. / Haas, A. / Niemann, H.H.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virulence associated protein VapB
B: Virulence associated protein VapB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7679
ポリマ－24,1822
非ポリマー5847
水3,315184
1
A: Virulence associated protein VapB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3674
ポリマ－12,0911
非ポリマー2763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Virulence associated protein VapB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3995
ポリマ－12,0911
非ポリマー3084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.940, 65.340, 124.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Virulence associated protein VapB


分子量: 12091.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Obtained by proteolytic digestion with proteinase K. N- and C-terminus are not defined with certainty.
由来: (組換発現) Rhodococcus hoagii (バクテリア) / 遺伝子: pVAPB_vapB / プラスミド: PETITE N-HIS KAN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4F366
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG 4000, 0.2 M Mg(NO3)2; protein concentration: 10 mg/ml; protein buffer: 25 mM Tris, pH 7.0, 20 mM NaCl; drop size and ratio: 1 ul protein + 0.5 ul reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.23953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 25467 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 24.95 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 28.74
反射 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1845 / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.657 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3965精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
XSCALEJan 31, 2020データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CV7

4cv7


解像度: 1.71→42.93 Å / SU ML: 0.1844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1816 1265 4.98 %
Rwork0.1539 24159 -
obs0.1553 25424 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→42.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1656 0 38 184 1878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00861831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90992505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0608252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2327625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.780.29971330.26392640X-RAY DIFFRACTION99.39
1.78-1.860.22771450.19842627X-RAY DIFFRACTION99.78
1.86-1.960.23161590.17092655X-RAY DIFFRACTION99.93
1.96-2.080.19271140.16382677X-RAY DIFFRACTION99.89
2.08-2.240.18851330.13922655X-RAY DIFFRACTION99.82
2.24-2.470.14711470.13922669X-RAY DIFFRACTION99.89
2.47-2.820.17721330.15192699X-RAY DIFFRACTION99.86
2.82-3.560.17981460.14322722X-RAY DIFFRACTION99.93
3.56-42.930.17041550.15092815X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.534331639490.1891384994150.2326504804661.17857417078-0.3421599847832.871375161250.01392554236140.2803649527730.0225443971932-0.224987992394-0.0994208645296-0.1033808514340.1090536968960.2984311559340.08907953838370.2276975339930.06620106844830.03087508023720.2238893187760.01860512964710.21089777308-20.2310998191-4.3002660025915.9602838932
21.6719803451-0.259759089506-0.2674565104042.058315042930.0143581142431.825235464950.1318270814220.2490194834440.114866008394-0.239402161862-0.173190243960.18816803744-0.087377277274-0.4723107538870.03221365105080.2099359934730.0697298667344-0.01941525200010.26625240469-0.01661926602440.238442309899-40.49800230463.2327433792619.9939922599
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 86 - 194 / Label seq-ID: 1 - 109

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11chain 'A'AA
22chain 'B'BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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