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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b1v | |||||||||
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タイトル | DtxR-like iron-dependent regulator IdeR complexed with cobalt | |||||||||
要素 | DtxR family iron (Metal) dependent repressor | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION REGULATION / REPRESSOR (リプレッサー) / REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATOR / METAL SENSOR / IDER / IRON-DEPENDENT REGULATOR / DTXR / HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / METAL ION (金属) / METAL-BINDING PROTEIN / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Maurer, D. / Marcos-Torres, F.J. / Griese, J.J. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 タイトル: The bacterial iron sensor IdeR recognizes its DNA targets by indirect readout. 著者: Marcos-Torres, F.J. / Maurer, D. / Juniar, L. / Griese, J.J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: The bacterial iron sensor IdeR recognizes its DNA targets by indirect readout 著者: Marcos-Torres, F.J. / Maurer, D. / Griese, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b1v.cif.gz | 100.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b1v.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b1v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b1v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25676.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (strain ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338) (バクテリア) 株: ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338 遺伝子: A8924_2181 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A9J1W2 #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 25%(w/v) PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→61.1 Å / Num. obs: 17216 / % possible obs: 83.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.22 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 862 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 0.748 / % possible all: 54.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1U8R 解像度: 2.04→61.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 8.051 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.677 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.01 Å2 / Biso mean: 35.79 Å2 / Biso min: 17.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→61.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.043→2.096 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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