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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b13 | ||||||
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タイトル | 14-3-3sigma in complex with SHN3pS542 phosphopeptide crystal structure | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / Adaptor Protein / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å | ||||||
データ登録者 | Soini, L. / Leysen, S. / Davis, J. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 14-3-3 sigma in complex with phosphopeptides 著者: Soini, L. / Leysen, S. / Davis, J. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b13.cif.gz | 150.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b13.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b13.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b13_validation.pdf.gz | 315.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b13_full_validation.pdf.gz | 317.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7b13_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b13_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/7b13 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1042.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 95 mM Hepes pH 7.1-7.7, 24-29% PEG400, 190 mM CaCl2, Glycerol 5% PH範囲: 7.1-7.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9282 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.37→28.46 Å / Num. obs: 61661 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 13.51 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.37→1.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 3003 / CC1/2: 0.84 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MHR 解像度: 1.37→28.21 Å / SU ML: 0.1173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.043 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.37→28.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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