PDB-7b0m: Sugar transaminase from a metagenome collected from troll oil fie...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b0m

タイトル

Sugar transaminase from a metagenome collected from troll oil field production water

要素

Sugar aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / aminotransferase / thermostability / catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.43 Å

データ登録者

Littlechild, J.A. / De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Sayer, C. / Karki, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sugar transaminases from hot environments
著者: James, P. / Littlechild, J.A. / De Rose, S.A. / Isupov, M.N. / Karki, S. / Tabji, A.B. / Garcia-Moyano, A. / Birkeland, N.K.

履歴

登録	2020年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b0m.cif.gz	178.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b0m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b0m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b0m_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b0m_full_validation.pdf.gz	465 KB	表示
XML形式データ	7b0m_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	7b0m_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b0m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b0dC 3bn1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bn1-2 2fni-d 2fnu-d 4m2m-1 4xau-2 4m2k-1 4piw-1 2oge-1 6l1o-d 4oca-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4282117 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Sugar aminotransferase

ヘテロ分子

43.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Sugar aminotransferase

ヘテロ分子

AAA: Sugar aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.405, 76.405, 134.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-676- HOH

#1: タンパク質	Sugar aminotransferase 分子量: 42307.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5Q0MTV0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate,0.1 M Phosphate, 20% w/v PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→59.37 Å / Num. obs: 84599 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 8.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 2.873 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4170 / CC_1/2: 0.282 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BN1

3bn1

解像度: 1.43→59.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.565 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	4195	4.963 %
R_work	0.1651	80337	-
all	0.167	-	-
obs	-	84532	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.673 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.465 Å²	0.232 Å²	0 Å²
2-	-	0.465 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.508 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.43→59.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2927	0	58	346	3331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.019	1.65	4342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.479	1.577	7288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.274	5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.5	23.775	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.281	15	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.732	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	686
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.059	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.047	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.933	8.484	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.907	8.474	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.111	14.237	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.118	14.255	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.55	10.035	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.548	10.04	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.262	15.976	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.26	15.981	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.786	63.74	14065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.754	63.329	13737

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.43-1.467	0.345	354	0.357	5843	X-RAY DIFFRACTION	99.9677
1.467-1.507	0.364	325	0.331	5711	X-RAY DIFFRACTION	99.9669
1.507-1.551	0.284	277	0.31	5554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.551-1.599	0.305	264	0.295	5444	X-RAY DIFFRACTION	99.965
1.599-1.651	0.263	276	0.244	5248	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.709	0.266	249	0.224	5097	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.773	0.233	273	0.208	4902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.773-1.846	0.234	253	0.189	4698	X-RAY DIFFRACTION	99.9596
1.846-1.928	0.223	240	0.181	4576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.928-2.022	0.207	217	0.182	4339	X-RAY DIFFRACTION	99.9781
2.022-2.131	0.22	185	0.178	4196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.131-2.26	0.202	195	0.174	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.416	0.191	193	0.149	3719	X-RAY DIFFRACTION	99.9744
2.416-2.609	0.186	150	0.151	3501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.609-2.858	0.167	163	0.141	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.858-3.195	0.183	139	0.15	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.195-3.687	0.165	147	0.149	2562	X-RAY DIFFRACTION	99.8526
3.687-4.513	0.144	119	0.124	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.513-6.367	0.175	120	0.144	1707	X-RAY DIFFRACTION	99.8361
6.367-59.37	0.29	56	0.175	1017	X-RAY DIFFRACTION	99.1682

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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