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- PDB-7b0k: membrane protein structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0k
タイトルmembrane protein structure
要素Drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / choline transporter
機能・相同性EamA domain / EamA-like transporter family / membrane => GO:0016020 / CHOLINE ION / Drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Baerland, N. / Perez, C.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationPP00P3_198903 スイス
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanistic basis of choline import involved in teichoic acids and lipopolysaccharide modification.
著者: Natalie Bärland / Anne-Stéphanie Rueff / Gonzalo Cebrero / Cedric A J Hutter / Markus A Seeger / Jan-Willem Veening / Camilo Perez /
要旨: Phosphocholine molecules decorating bacterial cell wall teichoic acids and outer-membrane lipopolysaccharide have fundamental roles in adhesion to host cells, immune evasion, and persistence. ...Phosphocholine molecules decorating bacterial cell wall teichoic acids and outer-membrane lipopolysaccharide have fundamental roles in adhesion to host cells, immune evasion, and persistence. Bacteria carrying the operon that performs phosphocholine decoration synthesize phosphocholine after uptake of the choline precursor by LicB, a conserved transporter among divergent species. is a prominent pathogen where phosphocholine decoration plays a fundamental role in virulence. Here, we present cryo-electron microscopy and crystal structures of LicB, revealing distinct conformational states and describing architectural and mechanistic elements essential to choline import. Together with in vitro and in vivo functional characterization, we found that LicB displays proton-coupled import activity and promiscuous selectivity involved in adaptation to choline deprivation conditions, and describe LicB inhibition by synthetic nanobodies (sybodies). Our results provide previously unknown insights into the molecular mechanism of a key transporter involved in bacterial pathogenesis and establish a basis for inhibition of the phosphocholine modification pathway across bacterial phyla.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Mechanistic basis of choline import involved in teichoic acids and lipopolysaccharide modification
著者: Barland, N. / Rueff, A.S. / Cebrero, G. / Hutter, C.A. / Seeger, M.A. / Veening, J.W. / Perez, C.
履歴
登録2020年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7522
ポリマ－31,6481
非ポリマー1041
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.900, 43.440, 126.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.431, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease / EamA family transporter


分子量: 31647.631 Da / 分子数: 1 / 断片: membrane protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS021280_00207, ERS409062_01153, GM533_00320, SAMEA104035127_01235, SAMEA104035134_01163, SAMEA104154639_01167, SAMEA104154682_01012, SAMEA2204024_01167, SAMEA3232645_00550, SAMEA3354337_ ...遺伝子: ERS021280_00207, ERS409062_01153, GM533_00320, SAMEA104035127_01235, SAMEA104035134_01163, SAMEA104154639_01167, SAMEA104154682_01012, SAMEA2204024_01167, SAMEA3232645_00550, SAMEA3354337_01417, SAMEA3389964_01659, SAMEA3390019_01836, SAMEA3714202_00443
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A0E7XN74
#2: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30 % PEG 400, 50 mM HEPES pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.53→12.995 Å / Num. obs: 5593 / % possible obs: 72.1 % / 冗長度: 3.259 % / Biso Wilson estimate: 114.86 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 0.821 / Net I/σ(I): 3.94 / Num. measured all: 18226
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.83-3.953.520.5712.321960.8510.67737.2
3.95-4.083.5270.8151.732940.7950.96161.1
4.08-4.223.5010.6711.744530.8830.79689.5
4.22-4.383.4370.552.194740.9220.65499
4.38-4.563.4250.4132.664350.9550.49498
4.56-4.763.3690.3653.024260.9720.43797.5
4.76-4.993.2750.3473.293960.950.41597.8
4.99-5.263.2410.3033.574020.9670.36396.9
5.26-5.583.1790.2683.523580.9750.32394.2
5.58-5.9730.2513.723320.9540.30695.7
5.97-6.443.3240.2134.683390.9640.25598.8
6.44-7.063.3240.1665.793150.9840.19798.4
7.06-7.892.9740.1027.072690.990.12498.5
7.89-9.112.9480.0678.392490.9950.08294.7
9.11-11.162.5650.078.871860.990.08687.7
11.16-15.792.7720.069.241490.9950.07289.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: other

解像度: 3.8→10.96 Å / SU ML: 0.7292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.1135
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3267 513 9.97 %
Rwork0.3091 4634 -
obs0.311 5147 86.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 101.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→10.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1938 0 7 0 1945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00261984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56372701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0402343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.70541137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.170.4071820.3653718X-RAY DIFFRACTION55.17
4.17-4.720.31441430.32341295X-RAY DIFFRACTION97.96
4.72-5.80.34871450.31271281X-RAY DIFFRACTION96.29
5.8-10.960.29591430.28381340X-RAY DIFFRACTION96.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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