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万見
- PDB-7b0f: TgoT_6G12 Binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b0f
タイトルTgoT_6G12 Binary complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*AP*TP*T)-3')
  • DNA polymerase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / archaea / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / DNA replication proofreading / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family ...: / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus gorgonarius (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.797 Å
データ登録者Samson, C. / Legrand, P. / Tekpinar, M. / Rozenski, J. / Abramov, M. / Holliger, P. / Pinheiro, V. / Herdewijn, P. / Delarue, M.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)G0H7618N ベルギー
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structural Studies of HNA Substrate Specificity in Mutants of an Archaeal DNA Polymerase Obtained by Directed Evolution.
著者: Samson, C. / Legrand, P. / Tekpinar, M. / Rozenski, J. / Abramov, M. / Holliger, P. / Pinheiro, V.B. / Herdwijn, P. / Delarue, M.
履歴
登録2020年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*AP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1514
ポリマ－95,6693
非ポリマー4821
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area35380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.490, 111.920, 74.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase / TO POL


分子量: 89884.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus gorgonarius (古細菌) / 遺伝子: pol, polA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P56689, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*AP*TP*T)-3')


分子量: 1784.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*GP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4000.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 20K and 0.1 M MES-NaOH pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.797→46.7 Å / Num. obs: 31065 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 107.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1749 / Net I/σ(I): 7.18
反射 シェル解像度: 2.797→2.897 Å / Rmerge(I) obs: 1.737 / Num. unique obs: 3015 / CC1/2: 0.319

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3 (20-MAY-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1tgo

1tgo


解像度: 2.797→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU R Cruickshank DPI: 0.707 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.632 / SU Rfree Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.308
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 1554 5 %RANDOM
Rwork0.2309 ---
obs0.2315 31065 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 159.36 Å2 / Biso mean: 90.08 Å2 / Biso min: 32.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5035 Å20 Å2-9.9071 Å2
2--17.1017 Å20 Å2
3----13.5982 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.797→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5946 390 13 80 6429
Biso mean--152.13 57.56 -
残基数----740
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2284SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1035HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6530HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion823SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4643SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6530HARMONIC20.005
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8889HARMONIC20.71
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.38
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3064 31 4.98 %
Rwork0.3272 591 -
all0.3262 622 -
obs--90.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6051-0.7073-1.0114.9891-2.84064.4654-0.134-0.51790.08950.3530.23660.6123-0.10170.0189-0.1025-0.16560.03190.1243-0.2821-0.06020.0115-60.007639.897338.4095
25.11.3759-1.76927.6362-1.03872.82070.2396-0.08580.2477-0.2558-0.2622-0.6697-0.31050.45650.02260.16-0.05310.2142-0.11070.0983-0.0483-36.389358.028514.3094
32.0909-1.1914-0.25083.25030.32190.72390.03850.1221-0.2503-0.2782-0.0550.0311-0.05540.10250.0165-0.1336-0.03920.107-0.2112-0.0004-0.1083-40.76920.633825.046
46.20090.1182-2.53720.0428-0.70743.1719-0.14620.5871-0.3803-0.3798-0.02960.13690.2196-0.01750.1758-0.1199-0.04810.05870.0973-0.14520.0152-23.336511.207111.4225
54.19262.02650.21858.31552.90153.6771-0.22470.42770.36650.37240.0372-0.3795-0.722-0.25370.18740.15060.01230.14120.28730.10210.1928-0.71234.173412.2758
60.8209-1.4533-0.95178.31550.3995-0.8209-0.1757-0.11430.55310.4790.37190.2734-0.53540.12-0.19620.2477-0.07390.06530.3040.0950.3603-28.793732.469929.8125
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|131 }A1 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|132 - A|327 }A132 - 327
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|328 - A|532 A|801 }A328 - 532
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|328 - A|532 A|801 }A801
5X-RAY DIFFRACTION4{ A|533 - A|610 }A533 - 610
6X-RAY DIFFRACTION5{ A|613 - A|760 }A613 - 760
7X-RAY DIFFRACTION6{ B|* C|* }B7 - 12
8X-RAY DIFFRACTION6{ B|* C|* }C-2 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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