PDB-7aza: Perdeuterated E65Q-TIM complexed with PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMATE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aza

タイトル

Perdeuterated E65Q-TIM complexed with PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMATE

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / GLYCOLYSIS / TIM / TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TRANSITION STATE / PERDEUTERATION

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosome / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Kelpsas, V. / Caldararu, O. / von Wachenfeldt, C. / Oksanen, E.

資金援助

スウェーデン, 4件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Neutron structures of Leishmania mexicana triosephosphate isomerase in complex with reaction-intermediate mimics shed light on the proton-shuttling steps.
著者: Kelpsas, V. / Caldararu, O. / Blakeley, M.P. / Coquelle, N. / Wierenga, R.K. / Ryde, U. / von Wachenfeldt, C. / Oksanen, E.

履歴

登録	2020年11月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aza.cif.gz	114.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aza.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aza.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aza_validation.pdf.gz	299.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aza_full_validation.pdf.gz	299.3 KB	表示
XML形式データ	7aza_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	7aza_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7aza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/7aza	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7abxC 7az3C 7az4C 7az9C 2vxnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7az9-d 7abx-d 2y63-d 2p1g-1 2y62-d 1qds-d 5gv4-d 4i8i-d 4pq9-2 2pw6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

ヘテロ分子

27.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.323, 52.678, 58.665
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.860, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-465- HOH

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27208.236 Da / 分子数: 1 / 変異: E65Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: MSAKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVS MPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAW ...詳細: MSAKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVS MPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAW NQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLK PEFRDIIDATR 由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MDS42-T7 / 参照: UniProt: P48499, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-PGH / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / ホスホグリコロヒドロキサム酸分子量: 171.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.17 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M sodium acetate, 1 mM Na EDTA, 1 mM DTT,18% PEG6000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	293	1	N
2	293	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PETRA III, EMBL c/o DESY	P14 (MX2)	1	0.89
NUCLEAR REACTOR	ILL	LADI III	2	2.7-3.5

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS3 6M	1	PIXEL	2016年11月1日
CUSTOM-MADE	2	IMAGE PLATE	2018年3月28日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.89	1
2	2.7	1
3	3.5	1

反射

Entry-ID: 7AZA

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.1-45.01	104600	96	3.2	0.999	0.043	1	14.77
1.8-40	19145	78	5.2	0.955	0.194	2	3.8

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.1-1.16	2.1	15549	0.663	0.962	1	88.88
1.8-1.9	2.5	776	0.666	0.514	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS	3.25	データ削減
LAUEGEN		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 17.95 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 2vxn

2vxn

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso max (Å²)	B_iso mean (Å²)	B_iso min (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
1.1-45.01	X-RAY DIFFRACTION	75.88	22.83	8.8	0.1577	0.1438	0.1445	5194	99381	104575	4.97	96.17	1	1.35
1.8-30.5502	NEUTRON DIFFRACTION				0.2596	0.2202	0.2221	965		19144	5.04	77.37		0

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→45.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1871	0	14	381	2266
B_iso mean	-	-	19.34	34.4	-
残基数	-	-	-	-	249

LS精密化シェル

R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8949	0.3796	119	0.3606	1985	NEUTRON DIFFRACTION	60
1.8949-2.0136	0.3614	105	0.3109	2216	NEUTRON DIFFRACTION	66
2.0136-2.169	0.2747	134	0.2578	2368	NEUTRON DIFFRACTION	71
2.169-2.3872	0.303	140	0.2335	2542	NEUTRON DIFFRACTION	76
2.3872-2.7325	0.256	148	0.2168	2735	NEUTRON DIFFRACTION	82
2.7325-3.4419	0.2343	158	0.2075	3039	NEUTRON DIFFRACTION	90
3.4419-30.5502	0.2247	161	0.1888	3294	NEUTRON DIFFRACTION	96
1.1-1.1076	0.372	95	0.3376	1793	X-RAY DIFFRACTION	53
1.1076-1.1206	0.3498	166	0.3195	3343	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1206-1.1343	0.3238	177	0.3169	3371	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1343-1.1487	0.3158	166	0.2712	3388	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1487-1.1638	0.2486	192	0.2633	3346	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1638-1.1797	0.2648	175	0.2522	3381	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1797-1.1966	0.2456	159	0.2386	3416	X-RAY DIFFRACTION	98
1.1966-1.2144	0.2351	192	0.2368	3380	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2144-1.2334	0.221	174	0.2271	3371	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2334-1.2536	0.2272	169	0.2178	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2536-1.2753	0.2362	169	0.2156	3415	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2753-1.2984	0.2105	203	0.2022	3373	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2984-1.3234	0.2036	166	0.1942	3397	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3234-1.3504	0.1897	174	0.1829	3401	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3504-1.3798	0.1873	176	0.1786	3348	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3798-1.4119	0.1817	177	0.1721	3412	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4119-1.4472	0.1776	191	0.1647	3379	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4472-1.4863	0.1748	179	0.1558	3380	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4863-1.5301	0.1686	183	0.1594	3381	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5301-1.5795	0.1807	181	0.1558	3380	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5795-1.6359	0.1724	163	0.146	3400	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6359-1.7014	0.1752	186	0.1454	3336	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7014-1.7789	0.1406	177	0.1359	3363	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7789-1.8727	0.152	171	0.1327	3334	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8727-1.99	0.1623	179	0.1277	3303	X-RAY DIFFRACTION	96
1.99-2.1436	0.1288	169	0.1243	3318	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1436-2.3593	0.1194	163	0.1208	3273	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3593-2.7007	0.1466	181	0.1262	3307	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7007-3.4024	0.1413	171	0.1271	3310	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4024-45.01	0.1258	170	0.1162	3415	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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