PDB-7awx: Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7awx

タイトル

Structure of the FKBP51FK1 domain in complex with the macrocyclic SAFit analogue 55

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / Inhibitor / Complex / SAFit / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P. / Merz, S. / Voll, A. / Heymann, T. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of High-Affinity Macrocyclic FKBP51 Inhibitors.
著者: Bauder, M. / Meyners, C. / Purder, P.L. / Merz, S. / Sugiarto, W.O. / Voll, A.M. / Heymann, T. / Hausch, F.

履歴

登録	2020年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7awx.cif.gz	108.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7awx.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7awx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7awx_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7awx_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7awx_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	7awx_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a6wC 7a6xC 7b9yC 7b9zC 7ba0C 4tw7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7aot-d 5div-d 3o5i-2 3o5i-1 6txx-1 3o5k-1 4jfl-d 7b9z-d 3o5j-d 3o5m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.126, 64.621, 77.979
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-S5W / Macrocyclic SAFit analogue 55 分子量: 701.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₅₁NO₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% PEG3350 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5 0.2M ammonium thiocyanate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→42.17 Å / Num. obs: 13332 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.07-42.17	5.6	0.046	234	0.997	0.027	0.053
2.2-2.27	6	1.122	1138	0.898	0.74	1.349

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
XDS		データ収集
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4tw7

4tw7

解像度: 2.2→42.004 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 11.364 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	655	4.929 %
R_work	0.2327	12634	-
all	0.236	-	-
obs	-	13289	99.305 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.475 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.083 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.391 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.004 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1807	0	102	11	1920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.018	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.686	1.716	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.555	1.684	4143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.833	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.438	22.676	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.45	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.58	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.609	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	974
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	879
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.119	6.083	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.112	6.083	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.156	9.121	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.155	9.12	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.627	5.984	958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.625	5.983	959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.391	8.923	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.39	8.922	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.949	70.418	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.949	70.417	2117

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.49	48	0.444	911	0.446	963	0.423	0.444	99.5846	0.43
2.257-2.319	0.448	40	0.384	900	0.387	944	0.526	0.534	99.5763	0.369
2.319-2.386	0.365	40	0.367	880	0.367	924	0.666	0.622	99.5671	0.353
2.386-2.459	0.373	49	0.323	827	0.326	879	0.654	0.709	99.6587	0.309
2.459-2.539	0.339	45	0.297	819	0.299	868	0.77	0.789	99.5392	0.281
2.539-2.628	0.347	49	0.256	798	0.262	850	0.8	0.849	99.6471	0.245
2.628-2.727	0.246	34	0.253	769	0.253	803	0.864	0.884	100	0.242
2.727-2.838	0.277	38	0.251	742	0.252	781	0.845	0.878	99.872	0.24
2.838-2.963	0.282	42	0.228	718	0.231	761	0.863	0.892	99.8686	0.217
2.963-3.107	0.292	32	0.234	678	0.237	717	0.859	0.906	99.0237	0.226
3.107-3.274	0.361	30	0.234	650	0.239	698	0.823	0.905	97.4212	0.232
3.274-3.472	0.311	41	0.254	591	0.258	637	0.861	0.887	99.2151	0.257
3.472-3.709	0.34	30	0.236	601	0.241	636	0.894	0.924	99.2138	0.243
3.709-4.004	0.277	17	0.204	555	0.207	572	0.922	0.941	100	0.221
4.004-4.382	0.298	30	0.166	502	0.172	536	0.886	0.957	99.2537	0.189
4.382-4.893	0.23	18	0.172	481	0.174	499	0.917	0.96	100	0.204
4.893-5.637	0.299	28	0.2	408	0.207	437	0.919	0.948	99.7712	0.231
5.637-6.873	0.234	17	0.233	335	0.233	374	0.899	0.935	94.1176	0.273
6.873-9.592	0.251	20	0.188	281	0.192	305	0.925	0.959	98.6885	0.231
9.592-42.004	0.284	7	0.262	188	0.262	196	0.965	0.938	99.4898	0.321

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