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- PDB-7avk: Streptococcal High Identity Repeats in Tandem (SHIRT) domain 10 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7avk
タイトルStreptococcal High Identity Repeats in Tandem (SHIRT) domain 10 from cell surface protein SGO_0707
要素LPXTG cell wall surface protein
キーワードCELL ADHESION / Bacterial surface / adhesin / tandem repeat / Sgo0707
機能・相同性
機能・相同性情報


SHIRT domain / Sgo0707, N-terminal domain / SHIRT domain / Sgo0707 N-terminal domain / Sgo0707-like, N2 domain / Sgo0707 N2 domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
isothiocyanate / LPXTG cell wall surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.82 Å
データ登録者Degut, C. / Gilburt, J. / Whelan, F. / Jenkins, H.T. / Potts, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J005029/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Periscope Proteins are variable-length regulators of bacterial cell surface interactions.
著者: Whelan, F. / Lafita, A. / Gilburt, J. / Degut, C. / Griffiths, S.C. / Jenkins, H.T. / St John, A.N. / Paci, E. / Moir, J.W.B. / Plevin, M.J. / Baumann, C.G. / Bateman, A. / Potts, J.R.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPXTG cell wall surface protein
B: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4167
ポリマ－19,1212
非ポリマー2955
水4,234235
1
A: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6793
ポリマ－9,5611
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
2
B: LPXTG cell wall surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7384
ポリマ－9,5611
非ポリマー1773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)65.380, 47.990, 48.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1533-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 LPXTG cell wall surface protein


分子量: 9560.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (strain Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288) (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: SGO_0707 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AW49
#2: 化合物
ChemComp-IS8 / isothiocyanate / イソチオシアン酸


分子量: 59.090 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2 M ammonium sulphate, 150 mM potassium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.78001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.78001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.82→48.38 Å / Num. obs: 147184 / % possible obs: 96.75 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 10.86 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 28.26
反射 シェル解像度: 0.82→0.8493 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 2.057 / Mean I/σ(I) obs: 0.34 / Num. unique obs: 24481 / CC1/2: 0.239 / CC star: 0.621 / Rrim(I) all: 2.909 / % possible all: 76.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SHIRT R2

解像度: 0.82→48.38 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1626 1453 1.01 %
Rwork0.1469 --
obs0.147 144289 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.82→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 0 15 235 1533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4912064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.915572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.82-0.850.68181150.635811164X-RAY DIFFRACTION76
0.85-0.880.40171460.45214145X-RAY DIFFRACTION97
0.88-0.920.26721460.263314497X-RAY DIFFRACTION99
0.92-0.970.20041490.194614527X-RAY DIFFRACTION99
0.97-1.030.19461470.155514554X-RAY DIFFRACTION99
1.03-1.110.14711440.116814557X-RAY DIFFRACTION99
1.11-1.220.13591480.111414568X-RAY DIFFRACTION99
1.22-1.40.14011500.121514649X-RAY DIFFRACTION99
1.4-1.770.14741500.140414861X-RAY DIFFRACTION100
1.77-48.380.1591580.143215314X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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