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- PDB-7avj: Streptococcal High Identity Repeats in Tandem (SHIRT) domain 2 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7avj
タイトルStreptococcal High Identity Repeats in Tandem (SHIRT) domain 2 from cell surface protein SGO_0707
要素LPXTG cell wall surface protein
キーワードCELL ADHESION / Bacterial surface / adhesin / tandem repeat / Sgo0707
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
SHIRT domain / Sgo0707, N-terminal domain / SHIRT domain / Sgo0707 N-terminal domain / Sgo0707-like, N2 domain / Sgo0707 N2 domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
LPXTG cell wall surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Whelan, F. / Jenkins, H.T. / Potts, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/J005029/1 英国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Periscope Proteins are variable-length regulators of bacterial cell surface interactions.
著者: Whelan, F. / Lafita, A. / Gilburt, J. / Degut, C. / Griffiths, S.C. / Jenkins, H.T. / St John, A.N. / Paci, E. / Moir, J.W.B. / Plevin, M.J. / Baumann, C.G. / Bateman, A. / Potts, J.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Fragon: rapid high-resolution structure determination from ideal protein fragments.
著者: Jenkins, H.T.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPXTG cell wall surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6271
ポリマ－9,6271
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)21.429, 40.766, 82.469
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LPXTG cell wall surface protein


分子量: 9627.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (strain Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288) (バクテリア)
株: Challis / ATCC 35105 / BCRC 15272 / CH1 / DL1 / V288 / 遺伝子: SGO_0707 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8AW49
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 2.4 M Ammonium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→82.48 Å / Num. obs: 44546 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 8.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 0.95→0.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 2604 / CC1/2: 0.839 / % possible all: 75.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
Fragon位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.95→41.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.41 / SU ML: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.018
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1329 2193 4.9 %RANDOM
Rwork0.1249 ---
obs0.1253 42240 95.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.49 Å2 / Biso mean: 15.717 Å2 / Biso min: 7.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.95→41.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数540 0 0 104 644
Biso mean---29.48 -
残基数----69
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.961.968965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14731502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.153599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59626.29627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07815120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021810
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8961.205341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8931.202340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8091.785440
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.94331324
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.789549
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.1951344
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 146 -
Rwork0.247 2527 -
all-2673 -
obs--77.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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