[日本語] English
万見
- PDB-7avb: Solution structure of the fluorogen-activating protein FAST in th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7avb
タイトルSolution structure of the fluorogen-activating protein FAST in the apo state
要素FAST
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluorogen-activating protein PAS domain
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Baranov, M.S.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: NanoFAST: structure-based design of a small fluorogen-activating protein with only 98 amino acids.
著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Povarova, N.V. / Sokolov, A.I. / Baleeva, N.S. / Smirnov, A.Y. / Myasnyanko, I.N. / Ruchkin, D.A. / Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Mishin, A. ...著者: Mineev, K.S. / Goncharuk, S.A. / Goncharuk, M.V. / Povarova, N.V. / Sokolov, A.I. / Baleeva, N.S. / Smirnov, A.Y. / Myasnyanko, I.N. / Ruchkin, D.A. / Bukhdruker, S. / Remeeva, A. / Mishin, A. / Borshchevskiy, V. / Gordeliy, V. / Arseniev, A.S. / Gorbachev, D.A. / Gavrikov, A.S. / Mishin, A.S. / Baranov, M.S.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2491
ポリマ－15,2491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11510 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 FAST


分子量: 15249.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
121isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D 1H-15N NOESY
182isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
192isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic13D HNHA
1112isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic13D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] FAST, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2OH2O95% H2O/5% D2O
solution21 mM [U-13C; U-15N] FAST, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 100% D2OD2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMFAST[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
1 mMFAST[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
20 mMsodium chloridenatural abundance2
0.1 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.02 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 318 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA3.98.13Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospin解析
TALOS-NBaxデータ解析
qMDDOrekhov, Mayzel解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る