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- PDB-7av7: Crystal structure of S-nitrosylated nitrosoglutathione reductase(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7av7
タイトルCrystal structure of S-nitrosylated nitrosoglutathione reductase(GSNOR)from Chlamydomonas reinhardtii, in complex with NAD+
要素S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Zinc-binding dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / : / nucleotide binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase class III / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Falini, G. / Lemaire, S.D.
資金援助 イタリア, フランス, 2件
組織認可番号国
Other governmentAlma Idea 2017 イタリア
Agence Nationale de la Recherche (ANR)17-CE05-0001 フランス
引用ジャーナル: Redox Biol / 年: 2020
タイトル: Structural and functional insights into nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Tagliani, A. / Rossi, J. / Marchand, C.H. / De Mia, M. / Tedesco, D. / Gurrieri, L. / Meloni, M. / Falini, G. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Fermani, S. / Zaffagnini, M.
履歴
登録2020年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
B: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
C: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
D: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
E: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
F: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,70725
ポリマ－242,9066
非ポリマー4,80119
水86548
1
A: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
F: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5578
ポリマ－80,9692
非ポリマー1,5886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
2
B: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
C: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5578
ポリマ－80,9692
非ポリマー1,5886
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
3
D: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
E: S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5939
ポリマ－80,9692
非ポリマー1,6247
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.386, 143.294, 206.271
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase


分子量: 40484.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLRE_12g543400v5 / プラスミド: pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K3D6R4, S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 12% w/v PEG 8K, 0.1 M Tris-HCl, 0.1 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9137 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月4日 / 詳細: Cilindrical Mirror with 50 nm Pt-coating
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9137 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.623 Å / Num. obs: 195324 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.118 / Net I/av σ(I): 3.2 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.063.50.5362.174440.7330.360.6930.53699
3.06-3.243.80.3052.471370.2030.4050.30599.8
3.24-3.4740.1923.867010.1260.2540.19299.8
3.47-3.743.90.1414.962790.0940.1890.14199.8
3.74-4.13.80.1056.857920.0720.1420.10599.9
4.1-4.593.50.0729.852470.0520.0980.07299.8
4.59-5.293.90.06311.346810.0420.0840.063100
5.29-6.483.80.0739.839850.050.0990.073100
6.48-9.173.50.0611.331290.0430.0810.0699.9
9.17-48.6233.70.055218360.0410.0740.05599.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AAU

7aau


解像度: 2.9→48.5282 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2568 4863 4.91 %Random selection
Rwork0.18 94246 --
obs0.1837 52134 99.67 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.9 Å2 / Biso mean: 37.0267 Å2 / Biso min: 7.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.5282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16928 0 277 48 17253
Biso mean--50.72 21.11 -
残基数----2259
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9001-2.9330.32551810.261295296
2.933-2.96750.34291320.2613195100
2.9675-3.00370.36471660.26753139100
3.0037-3.04170.37851360.25913199100
3.0417-3.08170.34651710.24223120100
3.0817-3.12390.32381700.23893176100
3.1239-3.16860.28791590.22723134100
3.1686-3.21580.30851240.22243169100
3.2158-3.26610.30111790.2253185100
3.2661-3.31960.33271740.22123081100
3.3196-3.37680.32321790.21833110100
3.3768-3.43820.32481700.23423157100
3.4382-3.50430.30381770.2143118100
3.5043-3.57590.28851530.19863185100
3.5759-3.65360.2481390.1863156100
3.6536-3.73850.30511840.18573130100
3.7385-3.8320.26991630.1783104100
3.832-3.93560.28371520.17033221100
3.9356-4.05130.25881570.1683116100
4.0513-4.1820.21961570.15473166100
4.182-4.33140.24411220.15273182100
4.3314-4.50470.21351590.13143133100
4.5047-4.70960.17831900.12773148100
4.7096-4.95760.19941450.13183168100
4.9576-5.26790.20881860.13893131100
5.2679-5.67410.21481450.14833144100
5.6741-6.2440.22071800.14563145100
6.244-7.14510.21921910.14633142100
7.1451-8.99260.17151640.14353117100
8.9926-48.52820.20011580.1777312399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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