PDB-7av5: Structure of EstD11 in complex with Fluorescein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7av5

タイトル

Structure of EstD11 in complex with Fluorescein

要素

EstD11

キーワード

HYDROLASE / Esterase Hormone-Sensitive Lipase Metagenome library Crystal structure

機能・相同性

ACETATE ION / FLUORESCIN / FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a novel thermophilic esterase EstD11 provide catalytic insights for the HSL family.
著者: Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Rajkovic, J. / Knapik, K. / Torrado, A. / Otero, J.M. / Beneventi, E. / Becerra, M. / Sanchez-Costa, M. / Hidalgo, A. / Berenguer, J. / Gonzalez-Siso, M.I. / ...

履歴

登録	2020年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年2月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / diffrn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.ambient_temp
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7av5.cif.gz	139.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7av5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7av5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7av5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7av5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7av5_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	7av5_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7at0SC 7at2C 7at3C 7at4C 7atdC 7atfC 7atqC 7auyC 7nb5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7at3-1 3sqe-d 3h19-d 7at4-d 1lhg-d 7at2-1 1nt1-d 3g9z-d 5gmr-4 7atf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: EstD11

BBB: EstD11

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: EstD11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: EstD11

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.278, 80.562, 145.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	EstD11 分子量: 32186.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-FDS / FLUORESCIN / フルオレシン分子量: 334.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3.2M Sodium formate and 0.1M citrate pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→45.872 Å / Num. obs: 41145 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2857 / CC_1/2: 0.789 / R_pim(I) all: 0.329 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AT0

7at0

解像度: 1.97→45.872 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.191 / WR_factor R_work: 0.15 / SU B: 4.015 / SU ML: 0.111 / Average fsc free: 0.9295 / Average fsc work: 0.9402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	2099	5.11 %
R_work	0.1696	38980	-
all	0.172	-	-
obs	-	41079	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.006 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→45.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4461	0	113	416	4990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.679	6458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.362	1.58	10234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.8	5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.451	20.083	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.198	15	738
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.967	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5369
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.131	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.289	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.917	2.121	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.917	2.122	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.873	3.16	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.873	3.162	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.149	2.64	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.146	2.639	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.805	3.809	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.804	3.81	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.671	27.388	5621
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.481	26.905	5497
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	9376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2.021	0.287	166	0.269	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.9332
2.021-2.076	0.272	160	0.243	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.9655
2.076-2.137	0.243	140	0.217	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.8597
2.137-2.202	0.228	143	0.188	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.202-2.275	0.211	114	0.17	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.9624
2.275-2.354	0.251	121	0.181	2470	X-RAY DIFFRACTION	99.9614
2.354-2.443	0.216	138	0.163	2380	X-RAY DIFFRACTION	99.9603
2.443-2.543	0.188	127	0.158	2287	X-RAY DIFFRACTION	99.9586
2.543-2.656	0.245	119	0.164	2181	X-RAY DIFFRACTION	100
2.656-2.785	0.204	111	0.171	2125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.785-2.935	0.229	106	0.179	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.935-3.113	0.255	95	0.184	1912	X-RAY DIFFRACTION	100
3.113-3.328	0.217	96	0.165	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.328-3.594	0.171	85	0.146	1681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.594-3.936	0.174	75	0.141	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.936-4.399	0.187	88	0.134	1410	X-RAY DIFFRACTION	100
4.399-5.076	0.17	72	0.139	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
5.076-6.209	0.212	66	0.154	1098	X-RAY DIFFRACTION	100
6.209-8.75	0.232	41	0.157	857	X-RAY DIFFRACTION	100
8.75-45.872	0.206	36	0.19	510	X-RAY DIFFRACTION	99.2727

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)