PDB-7atr: The Crystal Structure of YejA - an ABC Peptide Transporter Receptor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7atr

タイトル

The Crystal Structure of YejA - an ABC Peptide Transporter Receptor

要素

(Uncharacterized protein YejA) x 2

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Peptide-uptake Antimicrobial peptide ABC transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type oligopeptide transporter activity / microcin transport / oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Ackroyd, B.K. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.T.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of YejA - an ABC Peptide Transporter Receptor
著者: Ackroyd, B.K. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7atr.cif.gz	252.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7atr.ent.gz	198.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7atr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7atr_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7atr_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
XML形式データ	7atr_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7atr_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4onyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6a1e-d 2wgf-4 3fec-d 4ku5-d 2wge-1 2wgd-1 4m2e-1 2jkp-1 3fk5-2 4c71-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein YejA

B: Uncharacterized protein YejA

ヘテロ分子

68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALLS

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.440, 105.267, 145.387
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Uncharacterized protein YejA 分子量: 67124.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chain A is a conventional peptide binding protein component of an ABC uptake system in bacteria. Chain B is a peptide derived from this protein which is a found as a ligand in this protein. 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: yejA, b2177, JW2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33913
#2: タンパク質・ペプチド	Uncharacterized protein YejA 分子量: 1328.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Chain A is a conventional peptide binding protein component of an ABC uptake system in bacteria. Chain B is a peptide derived from this protein which is a found as a ligand in this protein. 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yejA, b2177, JW2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 20 mg.ml-1 in 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, pH 8.0 Reservoir solution: 2% w/v polyethylene glycol 20,000, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 6.5 Drops: 300 nl (150 nl ...詳細: Protein: 20 mg.ml-1 in 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, pH 8.0 Reservoir solution: 2% w/v polyethylene glycol 20,000, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 6.5 Drops: 300 nl (150 nl protein solution + 150 nl reservoir solution) Reservoir: 100 microlitres

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 20 mg.ml-1 in 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, pH 8.0 Reservoir solution: 2% w/v polyethylene glycol 20,000, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 6.5 Drops: 300 nl (150 nl ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→85.264 Å / Num. obs: 101011 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.46 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 14.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.49-85.26	7.8	0.034	36.9	702	0.956	0.018	0.039
1.55-1.58	8.5	0.668	2.4	4874	0.904	0.353	0.756

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		data processing
Aimless	0.7.4	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ONY

4ony

解像度: 1.55→85.264 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.318 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1846	4874	4.825 %
R_work	0.1701	96135	-
all	0.171	-	-
obs	-	101009	99.528 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.793 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.846 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.539 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.307 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→85.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4841	0	18	408	5267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	5073
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.649	6907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.455	1.582	10708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.791	5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.24	21.779	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.952	15	814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.618	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.632	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.863	1.929	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.839	1.927	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.639	2.887	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.638	2.888	3014
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.283	2.238	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.282	2.241	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.862	3.218	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.862	3.22	3895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.839	21.937	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.749	21.718	5387

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.263	349	0.237	6980	0.238	7411	0.868	0.877	98.8935	0.229
1.59-1.634	0.243	348	0.218	6826	0.219	7240	0.895	0.9	99.0884	0.207
1.634-1.681	0.225	353	0.199	6616	0.2	7044	0.91	0.923	98.9353	0.187
1.681-1.733	0.212	349	0.188	6458	0.189	6869	0.932	0.935	99.0974	0.175
1.733-1.79	0.219	351	0.171	6240	0.173	6639	0.935	0.946	99.277	0.158
1.79-1.852	0.205	284	0.166	6119	0.168	6441	0.936	0.952	99.41	0.154
1.852-1.922	0.202	272	0.163	5901	0.164	6204	0.946	0.955	99.5003	0.151
1.922-2.001	0.186	277	0.157	5690	0.158	5990	0.955	0.963	99.616	0.147
2.001-2.09	0.179	270	0.164	5481	0.165	5769	0.959	0.963	99.688	0.157
2.09-2.192	0.179	274	0.163	5238	0.164	5526	0.963	0.965	99.7467	0.157
2.192-2.31	0.181	252	0.165	4943	0.166	5205	0.962	0.965	99.8079	0.159
2.31-2.45	0.171	230	0.159	4743	0.16	4980	0.966	0.967	99.8594	0.156
2.45-2.619	0.185	219	0.162	4423	0.163	4644	0.963	0.964	99.9569	0.161
2.619-2.829	0.171	213	0.159	4174	0.16	4389	0.962	0.965	99.9544	0.16
2.829-3.098	0.189	195	0.167	3835	0.168	4030	0.957	0.962	100	0.171
3.098-3.464	0.194	179	0.168	3485	0.169	3664	0.959	0.965	100	0.176
3.464-3.998	0.167	168	0.163	3070	0.163	3238	0.968	0.969	100	0.176
3.998-4.894	0.147	140	0.145	2610	0.145	2750	0.981	0.979	100	0.165
4.894-6.91	0.207	92	0.217	2092	0.216	2184	0.962	0.967	100	0.24
6.91-85.264	0.155	59	0.196	1211	0.194	1271	0.981	0.97	99.9213	0.264

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)