PDB-7ath: Crystal structure of UipA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ath

タイトル

Crystal structure of UipA

要素

UipA

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Native / membrane protein / metal binding

機能・相同性

membrane / PepSY domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Microbacterium sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.343 Å

データ登録者

Bremond, N. / Gallois, N. / Legrand, P. / Chapon, V. / Arnoux, P.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Isme J / 年: 2022
タイトル: Discovery and characterization of UipA, a uranium- and iron-binding PepSY protein involved in uranium tolerance by soil bacteria.
著者: Gallois, N. / Alpha-Bazin, B. / Bremond, N. / Ortet, P. / Barakat, M. / Piette, L. / Mohamad Ali, A. / Lemaire, D. / Legrand, P. / Theodorakopoulos, N. / Floriani, M. / Fevrier, L. / Den ...

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ath.cif.gz	42.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ath.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ath.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ath_validation.pdf.gz	424.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ath_full_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示
XML形式データ	7ath_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	7ath_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7ath ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7ath	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7atkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7atk-1 5sxg-d 6rnx-d 2f4w-d 2bq4-d 4u68-d 3f81-d 3h5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UipA

ヘテロ分子

21.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: UipA

ヘテロ分子

AAA: UipA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer in solution at relatively low protein concentration
43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.130, 96.130, 52.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-304- ZN

#1: タンパク質	UipA 分子量: 21389.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Microbacterium sp. (バクテリア) / 遺伝子: CVS53_03692 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3Q9JIL7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH6 100mM, PEG6K 22%, ZnCl2 5-15mM Formamide 6%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43 Å / Num. obs: 23892 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 3813 / CC_1/2: 0.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.343→42.991 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 7.159 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	540	5.004 %
R_work	0.2184	10251	-
all	0.22	-	-
obs	-	10791	99.741 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.975 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.236 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.236 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.472 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.343→42.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	962	0	5	8	975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	883
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.629	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.408	1.588	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.228	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.297	24.783	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.168	15	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.187	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.284	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.408	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.117	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.405	7.444	542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.405	7.443	541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.173	11.139	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.169	11.141	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.194	8.125	425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.185	8.129	426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.535	11.868	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.525	11.873	649
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.878	88.612	950
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.871	88.66	951

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.343-2.403	0.407	38	0.365	712	0.367	773	0.85	0.816	97.0246	0.349
2.403-2.469	0.344	37	0.344	722	0.344	759	0.858	0.815	100	0.32
2.469-2.54	0.372	37	0.29	700	0.294	737	0.803	0.856	100	0.256
2.54-2.618	0.44	36	0.306	683	0.312	719	0.788	0.852	100	0.274
2.618-2.704	0.456	35	0.286	655	0.294	690	0.836	0.881	100	0.25
2.704-2.798	0.3	34	0.273	651	0.274	685	0.872	0.871	100	0.244
2.798-2.903	0.3	33	0.282	623	0.283	656	0.839	0.85	100	0.246
2.903-3.021	0.303	31	0.272	601	0.273	632	0.877	0.867	100	0.242
3.021-3.155	0.368	31	0.264	575	0.268	606	0.829	0.884	100	0.241
3.155-3.308	0.303	30	0.235	566	0.239	596	0.9	0.915	100	0.222
3.308-3.486	0.302	27	0.224	514	0.228	541	0.904	0.928	100	0.214
3.486-3.696	0.275	26	0.224	508	0.226	534	0.931	0.945	100	0.218
3.696-3.949	0.178	25	0.199	471	0.198	496	0.961	0.955	100	0.2
3.949-4.262	0.181	24	0.173	445	0.173	469	0.957	0.969	100	0.18
4.262-4.665	0.162	21	0.142	413	0.143	434	0.981	0.976	100	0.153
4.665-5.208	0.201	21	0.164	388	0.166	409	0.963	0.965	100	0.175
5.208-5.999	0.22	17	0.23	336	0.23	353	0.955	0.938	100	0.243
5.999-7.311	0.258	16	0.239	298	0.24	314	0.944	0.94	100	0.259
7.311-10.193	0.2	12	0.165	236	0.166	248	0.972	0.973	100	0.196
10.193-42.991	0.264	9	0.285	154	0.284	165	0.976	0.938	98.7879	0.334

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関連情報:EMDBヘッダ

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