+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ath | ||||||
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Title | Crystal structure of UipA | ||||||
Components | UipA | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Native / membrane protein / metal binding | ||||||
Function / homology | membrane / PepSY domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Microbacterium sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.343 Å | ||||||
Authors | Bremond, N. / Gallois, N. / Legrand, P. / Chapon, V. / Arnoux, P. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Isme J / Year: 2022 Title: Discovery and characterization of UipA, a uranium- and iron-binding PepSY protein involved in uranium tolerance by soil bacteria. Authors: Gallois, N. / Alpha-Bazin, B. / Bremond, N. / Ortet, P. / Barakat, M. / Piette, L. / Mohamad Ali, A. / Lemaire, D. / Legrand, P. / Theodorakopoulos, N. / Floriani, M. / Fevrier, L. / Den ...Authors: Gallois, N. / Alpha-Bazin, B. / Bremond, N. / Ortet, P. / Barakat, M. / Piette, L. / Mohamad Ali, A. / Lemaire, D. / Legrand, P. / Theodorakopoulos, N. / Floriani, M. / Fevrier, L. / Den Auwer, C. / Arnoux, P. / Berthomieu, C. / Armengaud, J. / Chapon, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ath.cif.gz | 42.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ath.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7ath.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ath_validation.pdf.gz | 424.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ath_full_validation.pdf.gz | 425.4 KB | Display | |
Data in XML | 7ath_validation.xml.gz | 7.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7ath_validation.cif.gz | 8.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7ath ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7ath | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21389.395 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Microbacterium sp. (bacteria) / Gene: CVS53_03692 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A3Q9JIL7 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MES pH6 100mM, PEG6K 22%, ZnCl2 5-15mM Formamide 6% |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.99987 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 29, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→43 Å / Num. obs: 23892 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 14 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 3813 / CC1/2: 0.53 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.343→42.991 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 7.159 / SU ML: 0.163 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.182 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.975 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.343→42.991 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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