PDB-7at4: Structure of EstD11 in complex with Naproxen

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7at4

タイトル

Structure of EstD11 in complex with Naproxen

要素

EstD11

キーワード

HYDROLASE / Esterase Hormone-Sensitive Lipase Metagenome library Crystal structure

機能・相同性

FORMIC ACID / (2R)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a novel thermophilic esterase EstD11 provide catalytic insights for the HSL family.
著者: Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Rajkovic, J. / Knapik, K. / Torrado, A. / Otero, J.M. / Beneventi, E. / Becerra, M. / Sanchez-Costa, M. / Hidalgo, A. / Berenguer, J. / Gonzalez-Siso, M.I. / ...

履歴

登録	2020年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年2月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / diffrn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.ambient_temp
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7at4.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7at4.ent.gz	59 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7at4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7at4_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7at4_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7at4_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	7at4_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7at4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7at4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7at0SC 7at2C 7at3C 7atdC 7atfC 7atqC 7auyC 7av5C 7nb5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vnp-1 1uvs-d 3h19-d 7nb5-d 1ca8-d 4hez-d 7av5-1 3dhk-d 6y7b-2 2pou-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EstD11

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.172, 90.604, 126.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1703- HOH
2	1	A-1710- HOH
3	1	A-1830- HOH
4	1	A-1925- HOH

#1: タンパク質	EstD11 分子量: 32186.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Metagenomic library / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-NPX / (2R)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / (R)-Naproxen / (R)-ナプロキセン分子量: 230.259 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3.2M Sodium formate + 0.1M citrate pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.3 Å / Num. obs: 30890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1652 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.277 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AT0

7at0

解像度: 1.7→45.048 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.105 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	1548	5.013 %
R_work	0.156	29330	-
all	0.158	-	-
obs	-	30878	99.948 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.012 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2243	0	86	302	2631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.645	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.46	1.569	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.901	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.89	20.159	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.403	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.204	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.265	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.677	1.685	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.678	1.689	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.399	2.525	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.402	2.528	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.247	2.188	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.248	2.188	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.86	3.106	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.858	3.106	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.707	22.721	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.494	21.794	2838

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.304	116	0.239	2160	X-RAY DIFFRACTION	99.9122
1.744-1.792	0.244	103	0.208	2077	X-RAY DIFFRACTION	99.9542
1.792-1.844	0.245	116	0.198	2022	X-RAY DIFFRACTION	99.9065
1.844-1.901	0.219	87	0.179	1979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.901-1.963	0.195	93	0.165	1919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.963-2.032	0.2	93	0.157	1869	X-RAY DIFFRACTION	99.9491
2.032-2.108	0.187	102	0.151	1788	X-RAY DIFFRACTION	99.9471
2.108-2.194	0.22	87	0.147	1720	X-RAY DIFFRACTION	99.9447
2.194-2.292	0.182	83	0.14	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.404	0.207	81	0.142	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.533	0.179	83	0.147	1508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.687	0.201	83	0.161	1415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.872	0.194	98	0.158	1325	X-RAY DIFFRACTION	99.9298
2.872-3.102	0.18	60	0.16	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.102-3.397	0.182	60	0.155	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.152	52	0.137	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.383	0.183	49	0.127	947	X-RAY DIFFRACTION	100
4.383-5.363	0.137	48	0.134	811	X-RAY DIFFRACTION	99.8837
5.363-7.564	0.189	32	0.167	642	X-RAY DIFFRACTION	100
7.564-45.048	0.21	22	0.182	382	X-RAY DIFFRACTION	98.5366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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