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- PDB-7arp: Native L-2-haloacid dehalogenase from Zobellia galactanivorans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7arp
タイトルNative L-2-haloacid dehalogenase from Zobellia galactanivorans
要素(S)-2-haloacid dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Haloacid dehalogenase / Rossmann fold / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
L-2-Haloacid dehalogenase / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / THIOCYANATE ION / (S)-2-haloacid dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Grigorian, E. / Roret, T. / Czjzek, M. / Leblanc, C. / Delage, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: X-ray structure and mechanism of ZgHAD, a L-2-haloacid dehalogenase from the marine Flavobacterium Zobellia galactanivorans.
著者: Grigorian, E. / Roret, T. / Czjzek, M. / Leblanc, C. / Delage, L.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (S)-2-haloacid dehalogenase
B: (S)-2-haloacid dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0596
ポリマ－52,7532
非ポリマー3064
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area17500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.535, 68.826, 103.742
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 18 through 301 or resid 401))
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 18 through 301 or resid 401))A18 - 301
121(chain A and (resid 18 through 301 or resid 401))A401
211chain BB18 - 238

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要素

#1: タンパク質 (S)-2-haloacid dehalogenase


分子量: 26376.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (strain DSM 12802 / CCUG 47099 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij) (バクテリア)
株: DSM 12802 / CCUG 47099 / CIP 106680 / NCIMB 13871 / Dsij
遺伝子: dhlB, zobellia_4183 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L7V6, (S)-2-haloacid dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 31% PEG 3350, 0.33 M potassium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97986 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→45.03 Å / Num. obs: 41657 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/av σ(I): 11.7 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.78-1.8213.70.7451.123640.8960.2080.774100
9.08-45.03110.0563800.9980.0170.05999.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YML

2yml


解像度: 1.78→45.027 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1774 2092 5.03 %
Rwork0.1552 39491 -
obs0.1564 41583 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.42 Å2 / Biso mean: 26.5464 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→45.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3457 0 16 473 3946
Biso mean--26.03 34.95 -
残基数----443
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2043X-RAY DIFFRACTION10.361TORSIONAL
12B2043X-RAY DIFFRACTION10.361TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.78-1.82140.32341240.26732621
1.8214-1.8670.28731270.21212599
1.867-1.91740.23371250.18222598
1.9174-1.97390.22651200.16862617
1.9739-2.03760.24751390.16132585
2.0376-2.11040.17531290.15892613
2.1104-2.19490.18591480.14762595
2.1949-2.29480.20091470.13832632
2.2948-2.41580.15031400.13742593
2.4158-2.56710.1791520.14662608
2.5671-2.76530.15911380.14552648
2.7653-3.04350.18761440.1472627
3.0435-3.48380.15771440.15022659
3.4838-4.38860.15341540.13882674
4.3886-45.0271612822
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7149-0.36650.12440.57420.41080.6074-0.0579-0.0077-0.1953-0.03710.0018-0.12160.09190.2024-0.00330.1380.0070.0270.1372-0.0010.1798-9.13212.081-8.491
20.50550.5988-0.27863.64450.50610.39220.0412-0.2353-0.06680.16530.0337-0.9917-0.09540.37790.07270.1795-0.01470.05410.18970.00290.30214.45529.242-18.909
30.14340.0832-0.15070.37110.31180.64630.10.0089-0.1313-0.0368-0.0399-0.04050.2087-0.08280.00010.1739-0.02060.01020.1463-0.00210.1351-11.70730.59-15.882
40.572-0.35590.38870.4058-0.00430.79290.15250.1760.1288-0.2494-0.0271-0.02050.0047-0.03630.00030.1876-0.020.02460.1467-0.00460.1326-11.80630.975-23.516
50.2785-0.43490.2521.0112-0.46340.24450.07310.1686-0.0047-0.7370.0283-0.24550.02330.25340.07470.3582-0.01570.1250.1982-0.01070.2501-0.97628.742-28.264
60.79220.6286-0.17490.61010.05360.38370.0042-0.0102-0.2195-0.045-0.1249-0.61610.15960.23170.02640.1790.02160.02640.1804-0.0060.2537-1.5796.29-9.735
70.2724-0.2171-0.02110.34840.28670.41260.08260.045-0.12190.1198-0.1127-0.0528-0.12970.01910.00010.1996-0.00550.0340.16330.0010.1995-13.8988.589-11.37
80.20440.0387-0.10350.19170.10670.13760.08470.1344-0.1151-0.2777-0.1449-0.03480.1828-0.054100.20420.02130.05010.1669-0.0220.1841-7.87.9-19.031
90.09740.08350.0710.08960.00820.2012-0.03780.1372-0.0048-0.30430.01730.1202-0.1085-0.1282-00.2224-0.0122-0.01040.22940.0050.2123-19.86617.741-15.972
100.2524-0.3103-0.03770.38060.02060.4023-0.0759-0.001-0.14370.0390.07860.10720.0305-0.07820.00010.1718-0.01290.02110.1607-0.00140.1992-20.71712.45-6.281
110.7252-0.2493-0.15950.69470.38380.5809-0.0559-0.0749-0.04230.21760.0809-0.08340.07280.1388-0.00010.16490.0104-0.01260.15720.00310.1436-9.31216.9920.39
120.5309-0.27420.77170.8032-0.43911.1348-0.00610.06380.1221-0.0221-0.0153-0.122-0.04110.01990.00010.1380.0040.0160.1476-0.00820.1445-11.18243.422-9.589
130.37750.3826-0.06280.46760.18440.77890.144-0.048-0.14680.1083-0.0657-0.06450.0292-0.1086-0.00010.1617-0.0051-0.0010.17820.00290.1903-12.04334.736-0.251
140.30840.26980.1470.28110.02780.35890.2072-0.1098-0.09270.1203-0.16670.09420.1493-0.05460.00010.2435-0.0397-0.00260.22370.0010.2463-3.65542.1773.789
150.30760.0642-0.2140.43210.10980.2717-0.20470.02240.4055-0.12040.0643-0.3832-0.2979-0.0428-0.00020.2363-0.01650.00020.20350.01230.2587-16.55460.847-14.668
160.4067-0.4705-0.11072.16350.37071.46010.05340.00740.0222-0.02530.0050.086-0.0326-0.12470.00020.12780.00080.01490.16970.00740.1541-23.71947.211-14.301
170.22090.1987-0.00060.21660.13540.497-0.01150.76620.251-0.7612-0.061-0.2404-0.23530.0186-0.01050.339-0.00560.03720.33050.04670.2183-17.91457.338-26.677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 7:22 )A7 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 23:37 )A23 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 38:55 )A38 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 56:76 )A56 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 77:94 )A77 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 95:111 )A95 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 112:123 )A112 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 124:141 )A124 - 141
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 142:155 )A142 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 156:179 )A156 - 179
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 180:227 )A180 - 227
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 7:55 )B7 - 55
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 56:76 )B56 - 76
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 77:94 )B77 - 94
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 95:111 )B95 - 111
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 112:211 )B112 - 211
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 212:227 )B212 - 227

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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