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- PDB-7aqa: Pseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase mutant, H382A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqa
タイトルPseudomonas stutzeri nitrous oxide reductase mutant, H382A
要素Nitrous-oxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / periplasmic copper-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrous-oxide reductase / nitrous-oxide reductase activity / copper ion import / denitrification pathway / cytochrome-c oxidase activity / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Copper centre Cu(A) ...Nitrous-oxide reductase / Nitrous-oxide reductase, C-terminal / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 1 / Nitrous oxide reductase, propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase propeller repeat / Nitrous oxide reductase propeller repeat 2 / Nitrous oxide reductase, N-terminal / : / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / FORMIC ACID / : / sulfanyl-(tricuprio-$l^{4}-sulfanyl)copper / PHENYLALANINE / (dicuprio-$l^{3}-sulfanyl)-sulfanyl-copper / Nitrous-oxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.497 Å
データ登録者Zhang, L. / Bill, E. / Kroneck, P.M.H. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)310656 ドイツ
German Research Foundation (DFG)192904750 ドイツ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: A [3Cu:2S] cluster provides insight into the assembly and function of the Cu Z site of nitrous oxide reductase.
著者: Zhang, L. / Bill, E. / Kroneck, P.M.H. / Einsle, O.
履歴
登録2020年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年7月7日Group: Database references / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_id_ISSN ..._chem_comp.formula / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrous-oxide reductase
B: Nitrous-oxide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,67618
ポリマ－143,7832
非ポリマー1,89316
水19,6001088
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13920 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area35510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.824, 76.834, 108.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitrous-oxide reductase / N(2)OR / N2O reductase


分子量: 71891.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア)
遺伝子: nosZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P19573, nitrous-oxide reductase

-
非ポリマー , 11種, 1104分子

#2: 化合物 ChemComp-K7E / sulfanyl-(tricuprio-$l^{4}-sulfanyl)copper


分子量: 319.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu4HS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#9: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#10: 化合物 ChemComp-RUQ / (dicuprio-$l^{3}-sulfanyl)-sulfanyl-copper


分子量: 255.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu3HS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris propane buffer at pH 8.5, 0.1 M sodium formate, 0.1 M sodium chloride, and 25% (w/v) of a medium molecular weight (MMW) polyethylene glycol mixture (PEG 2K, 3350, 4K and 5K MME)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.369991 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.369991 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.497→108.315 Å / Num. obs: 116124 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.497→1.644 Å / Num. unique obs: 5792 / CC1/2: 0.669

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6rkz

6rkz


解像度: 1.497→62.668 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 11057 4.88 %
Rwork0.1559 215505 -
obs0.1578 115830 63.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.82 Å2 / Biso mean: 29.4773 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.497→62.668 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9204 0 75 1088 10367
Biso mean--33.05 39.66 -
残基数----1171
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5912-1.6130.311990.3084226620
1.613-1.63610.34791490.2899299126
1.6605-1.68650.30052420.2795469041
1.6865-1.71410.30172680.2669532847
1.7141-1.74370.2753080.2616597253
1.7437-1.77540.28953550.2581689861
1.7754-1.80950.26743940.2411749266
1.8095-1.84650.25344220.2313774969
1.8465-1.88660.25365050.2156915082
1.8866-1.93050.24595680.21291027691
1.9305-1.97880.22325660.20331035292
1.9788-2.03230.22135290.18781033892
2.0323-2.09210.21145490.18311039691
2.0921-2.15960.20545650.171031591
2.1596-2.23680.20435030.16151025191
2.2368-2.32640.19895500.16241012190
2.3264-2.43230.2134850.164959585
2.4323-2.56050.18534160.1609983986
2.5605-2.72090.21065500.16151078795
2.7209-2.9310.19325570.15471069995
2.931-3.2260.18515000.14711076695
3.226-3.69270.17935730.12251057893
3.6927-4.65220.14144700.1034969086
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67910.1609-0.11810.67810.11940.4567-0.0362-0.0157-0.09470.02630.03510.0555-0.007-0.077-0.00310.06310.0007-0.01090.13720.02130.1146.56870.758936.7864
20.6477-0.0751-0.20911.0395-0.09851.08860.06920.1260.0686-0.36440.0892-0.0965-0.247-0.0523-0.04140.2125-0.09310.0390.1128-0.01210.04621.539519.498115.7406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 54:701)A54 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 58:701)B58 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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