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- PDB-7aq1: Crystal structure of human mature meprin beta in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aq1
タイトルCrystal structure of human mature meprin beta in complex with the specific inhibitor MWT-S-270
要素Meprin B subunit beta
キーワードHYDROLASE / Astacin protease / Metalloproteinase / Zn dependent / Sheddase / gamma Secretase / Inhbibitor bound Meprin beta holoenzyme / intermolecular disulfide bridge Homodimer / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


meprin B / meprin A complex / metalloendopeptidase activity / inflammatory response / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Meprin alpha/beta subunit / Meprin peptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / : / TRAF/meprin, MATH domain / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MATH/TRAF domain ...Meprin alpha/beta subunit / Meprin peptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / : / TRAF/meprin, MATH domain / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / TRAF-like / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RUE / Meprin A subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.413 Å
データ登録者Linnert, M. / Parthier, C. / Fritz, C.
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structure and Dynamics of Meprin beta in Complex with a Hydroxamate-Based Inhibitor.
著者: Linnert, M. / Fritz, C. / Jager, C. / Schlenzig, D. / Ramsbeck, D. / Kleinschmidt, M. / Wermann, M. / Demuth, H.U. / Parthier, C. / Schilling, S.
#1: ジャーナル: Preprints / 年: 2021
タイトル: Structure and Dynamics of Meprin beta in Complex with a Hydroxamate-Based Inhibitor
著者: Linnert, M. / Fritz, C. / Jager, C. / Schlenzig, D. / Ramsbeck, D. / Kleinschmidt, M. / Wermann, M. / Demuth, H.-U. / Schilling, S.
履歴
登録2020年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meprin B subunit beta
B: Meprin B subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,87726
ポリマ－121,5772
非ポリマー6,30124
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis, mass spectrometry
  • dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint88 kcal/mol
Surface area45060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.250, 72.440, 135.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-883-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))
21(chain B and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNASPASP(chain A and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))AA62 - 3651 - 304
12VALVALALAALA(chain A and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))AA367 - 468306 - 407
13VALVALTHRTHR(chain A and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))AA470 - 594409 - 533
21ASNASNASPASP(chain B and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))BB62 - 3651 - 304
22VALVALALAALA(chain B and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))BB367 - 468306 - 407
23VALVALTHRTHR(chain B and (resid 62 through 365 or resid 367 through 468 or resid 470 through 594))BB470 - 594409 - 533

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Meprin B subunit beta / Endopeptidase-2 / Meprin B / N-benzoyl-L-tyrosyl-P-amino-benzoic acid hydrolase subunit beta / PABA ...Endopeptidase-2 / Meprin B / N-benzoyl-L-tyrosyl-P-amino-benzoic acid hydrolase subunit beta / PABA peptide hydrolase / PPH beta


分子量: 60788.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: following expression the promeprin beta was activated by trypsin due removal of the propeptide.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEP1B / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q16820, meprin B

-
糖 , 4種, 9分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 432分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-RUE / 3-[[(3-Carboxyphenyl)methyl-[2-(hydroxyamino)-2-oxoethyl]amino]methyl]benzoic acid / 3-[[(3-carboxyphenyl)methyl-[2-(oxidanylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]methyl]benzoic acid / MWT-S-270 / CHEMBL4216076


分子量: 358.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Protein was mixed with inhibitor in a molar ratio of 1 to 1.2 to a final protein concentration of 8 mg/mL in 30 mM Tris, 100 mM sodium chloride, pH 7.6. 200 nL protein/inhibitor was mixed ...詳細: Protein was mixed with inhibitor in a molar ratio of 1 to 1.2 to a final protein concentration of 8 mg/mL in 30 mM Tris, 100 mM sodium chloride, pH 7.6. 200 nL protein/inhibitor was mixed with 200 nL praezipitation buffer and equilibrated against 55 micro Liter of praezipitation buffer, containing 25 percent (w/v) PEG 4000 and 30 percent (v/v) ethylene glycol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1,5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
254181
反射解像度: 2.41→44.969 Å / Num. obs: 103582 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.64 % / Biso Wilson estimate: 49.027 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 11.48 / Num. measured all: 584209 / Scaling rejects: 688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.41-2.485.3181.0191.7939040768773410.7461.12995.5
2.48-2.545.6010.842.3742144754775250.8070.92899.7
2.54-2.625.6060.7582.6341451742773940.80.83899.6
2.62-2.75.6340.6313.0439847708970730.8650.69799.8
2.7-2.795.6680.5313.638908688468650.8820.58799.7
2.79-2.885.6820.4114.4237561664266100.9410.45499.5
2.88-2.995.6940.3245.4536446642164010.9530.35899.7
2.99-3.125.7230.246.8434999613461150.9750.26599.7
3.12-3.255.7350.1769.1734476603060110.9840.19499.7
3.25-3.415.730.14511.1832560571356820.9890.15999.5
3.41-3.65.730.10614.7930713538453600.9940.11799.6
3.6-3.825.6760.08517.9828893511650900.9960.09399.5
3.82-4.085.6860.07120.6826719475746990.9970.07998.8
4.08-4.415.5840.05724.9424384445243670.9980.06398.1
4.41-4.835.6190.05227.3623154419041210.9980.05898.4
4.83-5.45.6730.05526.3120422362936000.9980.0699.2
5.4-6.235.7180.05725.4218888332733030.9970.06399.3
6.23-7.635.690.05128.4315602275927420.9980.05699.4
7.63-10.795.5840.0435.0611989215821470.9980.04599.5
10.79-44.9695.2930.03940.686013117711360.9970.04496.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.14-3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4gwn

4gwn


解像度: 2.413→44.969 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 5193 5.02 %
Rwork0.1985 98304 -
obs0.2004 103497 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.96 Å2 / Biso mean: 55.5223 Å2 / Biso min: 25.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.413→44.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8542 0 791 417 9750
Biso mean--76.04 45.31 -
残基数----1066
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5114X-RAY DIFFRACTION6.635TORSIONAL
12B5114X-RAY DIFFRACTION6.635TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4131-2.44050.31831650.2987296890
2.4405-2.46930.35641760.28643299100
2.4693-2.49940.33721730.27043257100
2.4994-2.5310.32321750.2683315100
2.531-2.56430.30321720.28093286100
2.5643-2.59940.30971710.27463310100
2.5994-2.63660.33961670.27533220100
2.6366-2.67590.32481730.2523350100
2.6759-2.71770.33071720.25623288100
2.7177-2.76230.3341750.24963299100
2.7623-2.80990.26351750.23863313100
2.8099-2.8610.25911800.23923358100
2.861-2.9160.25171680.22433197100
2.916-2.97550.30141730.21943312100
2.9755-3.04020.26711710.22743279100
3.0402-3.11090.26221760.22783293100
3.1109-3.18870.26391730.233306100
3.1887-3.27490.26281750.21793316100
3.2749-3.37120.311770.21653281100
3.3712-3.480.22711730.20783312100
3.48-3.60430.24111760.23283100
3.6043-3.74850.24041740.18573284100
3.7485-3.91910.19071700.1783326799
3.9191-4.12550.22751710.1666325199
4.1255-4.38380.18141760.1437331498
4.3838-4.7220.15951690.1369322199
4.722-5.19650.18741780.1424329699
5.1965-5.9470.17031660.16753275100
5.947-7.4870.1791760.18783290100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5754-0.0819-0.05770.2468-0.3030.68290.01890.1492-0.2219-0.05330.0177-0.01170.20370.1619-00.3719-0.00830.02570.4313-0.02160.29947.654432.9819.2632
20.16480.21930.13780.52230.27960.5333-0.10230.2415-0.0151-0.08230.14060.0336-0.04520.198900.3787-0.0895-0.00510.49960.0430.3076-2.310448.669212.7756
30.782-0.09410.30111.157-0.10491.30310.0274-0.1965-0.06210.3050.023-0.01160.038-0.162400.3772-0.0542-0.00570.34250.03980.3195-10.991335.081951.5343
40.67650.21140.26790.41750.14061.1138-0.03660.0317-0.0177-0.04240.04070.0068-0.07180.188900.3316-0.03520.01970.31330.0150.267810.85648.77241.2808
51.1944-0.01740.02370.1925-0.27580.38750.0133-0.0069-0.3987-0.0630.0397-0.10630.1973-0.15820.00020.4301-0.12450.01020.31580.01030.4674-29.678314.228726.7891
60.8169-0.04840.51940.0432-0.04310.32880.1525-0.6074-0.07850.00480.00870.12460.2055-0.23920.00020.417-0.0918-0.02290.49720.07030.4729-28.218520.790139.8728
70.51530.32170.22050.40330.00420.5162-0.0997-0.0050.263-0.14310.00480.2361-0.2386-0.1445-00.3793-0.0267-0.04310.35710.00940.476-24.572852.510818.5646
80.94280.37760.17450.6364-0.13470.6546-0.13150.07940.2027-0.08530.03570.26630.0224-0.2662-0.00010.3434-0.034-0.02820.5061-0.00220.4592-42.824138.19817.4
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 62 through 168 )A62 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 169 through 252 )A169 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 253 through 413 )A253 - 413
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 414 through 594 )A414 - 594
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 62 through 184 )B62 - 184
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 185 through 252 )B185 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 253 through 328 )B253 - 328
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 329 through 594 )B329 - 594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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