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- PDB-7apk: Structure of the human THO - UAP56 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7apk
タイトルStructure of the human THO - UAP56 complex
要素
  • (THO complex subunit ...) x 6
  • Spliceosome RNA helicase DDX39B
  • THOC2 anchor (putative)
キーワードGENE REGULATION / mRNA / nucleocytoplasmic transport / R-loop / gene expression
機能・相同性
機能・相同性情報


THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent protein binding ...THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent protein binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / U4 snRNP / RNA export from nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / poly(A)+ mRNA export from nucleus / generation of neurons / spliceosomal complex assembly / monocyte differentiation / blastocyst development / neuron development / RHOBTB2 GTPase cycle / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / RNA splicing / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of DNA-templated transcription elongation / central nervous system development / spliceosomal complex / cell morphogenesis / mRNA processing / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / negative regulation of neuron projection development / regulation of gene expression / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / nuclear speck / mRNA binding / apoptotic process / signal transduction / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
THO complex, subunit 5 / THO complex subunit 6 / Fms-interacting protein/Thoc5 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 ...THO complex, subunit 5 / THO complex subunit 6 / Fms-interacting protein/Thoc5 / TREX component Tex1/THOC3 / THO complex subunit 7/Mft1 / THO complex, subunitTHOC2, C-terminal / THO complex, subunitTHOC2, N-terminal / THO complex subunit 2, N-terminal domain / THO complex subunit 2 / Tho complex subunit 7 / Transcription factor/nuclear export subunit protein 2 / Transcription- and export-related complex subunit / THO complex subunit 2 N-terminus / THO complex, subunit THOC1 / THO complex subunit 1 transcription elongation factor / WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THO complex subunit 5 homolog / Spliceosome RNA helicase DDX39B / THO complex subunit 7 homolog / THO complex subunit 6 homolog / THO complex subunit 2 / THO complex subunit 1 / THO complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hohmann, U. / Puehringer, T. / Plaschka, C.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationP2GEP3_188343 オーストリア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure of the human core transcription-export complex reveals a hub for multivalent interactions.
著者: Thomas Pühringer / Ulrich Hohmann / Laura Fin / Belén Pacheco-Fiallos / Ulla Schellhaas / Julius Brennecke / Clemens Plaschka /
要旨: The export of mRNA from nucleus to cytoplasm requires the conserved and essential transcription and export (TREX) complex (THO-UAP56/DDX39B-ALYREF). TREX selectively binds mRNA maturation marks and ...The export of mRNA from nucleus to cytoplasm requires the conserved and essential transcription and export (TREX) complex (THO-UAP56/DDX39B-ALYREF). TREX selectively binds mRNA maturation marks and licenses mRNA for nuclear export by loading the export factor NXF1-NXT1. How TREX integrates these marks and achieves high selectivity for mature mRNA is poorly understood. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the human THO-UAP56/DDX39B complex at 3.3 Å resolution. The seven-subunit THO-UAP56/DDX39B complex multimerizes into a 28-subunit tetrameric assembly, suggesting that selective recognition of mature mRNA is facilitated by the simultaneous sensing of multiple, spatially distant mRNA regions and maturation marks. Two UAP56/DDX39B RNA helicases are juxtaposed at each end of the tetramer, which would allow one bivalent ALYREF protein to bridge adjacent helicases and regulate the TREX-mRNA interaction. Our structural and biochemical results suggest a conserved model for TREX complex function that depends on multivalent interactions between proteins and mRNA.
履歴
登録2020年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11857
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THO complex subunit 1
B: THO complex subunit 2
C: THO complex subunit 3
E: THO complex subunit 5 homolog
F: THO complex subunit 6 homolog
G: THO complex subunit 7 homolog
H: Spliceosome RNA helicase DDX39B
I: THO complex subunit 1
J: THO complex subunit 2
K: THO complex subunit 3
M: THO complex subunit 5 homolog
N: THO complex subunit 6 homolog
O: THO complex subunit 7 homolog
P: Spliceosome RNA helicase DDX39B
X: THOC2 anchor (putative)
a: THO complex subunit 1
b: THO complex subunit 2
c: THO complex subunit 3
e: THO complex subunit 5 homolog
f: THO complex subunit 6 homolog
g: THO complex subunit 7 homolog
h: Spliceosome RNA helicase DDX39B
i: THO complex subunit 1
j: THO complex subunit 2
k: THO complex subunit 3
m: THO complex subunit 5 homolog
n: THO complex subunit 6 homolog
o: THO complex subunit 7 homolog
p: Spliceosome RNA helicase DDX39B
x: THOC2 anchor (putative)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,836,84330
ポリマ－1,836,84330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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THO complex subunit ... , 6種, 24分子 AIaiBJbjCKckEMemFNfnGOgo

#1: タンパク質
THO complex subunit 1 / Tho1 / Nuclear matrix protein p84 / p84N5 / hTREX84


分子量: 81138.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC1, HPR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q96FV9
#2: タンパク質
THO complex subunit 2 / Tho2 / hTREX120


分子量: 141584.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC2, CXorf3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8NI27
#3: タンパク質
THO complex subunit 3 / Tho3 / TEX1 homolog / hTREX45


分子量: 43279.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q96J01
#4: タンパク質
THO complex subunit 5 homolog / Functional spliceosome-associated protein 79 / fSAP79 / NF2/meningioma region protein pK1.3 / ...Functional spliceosome-associated protein 79 / fSAP79 / NF2/meningioma region protein pK1.3 / Placental protein 39.2 / PP39.2 / hTREX90


分子量: 78652.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC5, C22orf19, KIAA0983 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q13769
#5: タンパク質
THO complex subunit 6 homolog / Functional spliceosome-associated protein 35 / fSAP35 / WD repeat-containing protein 58


分子量: 37577.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC6, WDR58, PSEC0006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q86W42
#6: タンパク質
THO complex subunit 7 homolog / Functional spliceosome-associated protein 24 / fSAP24 / Ngg1-interacting factor 3-like protein 1- ...Functional spliceosome-associated protein 24 / fSAP24 / Ngg1-interacting factor 3-like protein 1-binding protein 1 / NIF3L1-binding protein 1 / hTREX30


分子量: 23782.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC7, NIF3L1BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6I9Y2

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 HPhpXx

#7: タンパク質
Spliceosome RNA helicase DDX39B / 56 kDa U2AF65-associated protein / ATP-dependent RNA helicase p47 / DEAD box protein UAP56 / HLA-B- ...56 kDa U2AF65-associated protein / ATP-dependent RNA helicase p47 / DEAD box protein UAP56 / HLA-B-associated transcript 1 protein


分子量: 51612.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX39B, BAT1, UAP56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q13838, RNA helicase
#8: タンパク質・ペプチド THOC2 anchor (putative)


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1THO - UAP56COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2THO complexCOMPLEX#1-#6, #81RECOMBINANT
3Spliceosome RNA helicase DDX39BCOMPLEX#71RECOMBINANT
分子量値: 1.836 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111Hi5
33Escherichia coli (大腸菌)562BL21 DE3 RIL
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHepesC8H18N2O4S1
250 mMpotassium chlorideKCl1
31 mMTCEPC9H15O6P1
42 %GlycerolC3H8O31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影平均露光時間: 3.8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 26303

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Warp1.07CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
9PHENIX1.13モデル精密化
12RELION3.1分類
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1570265
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195098 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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