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- PDB-7ap5: Crystal structure of phycoerythrin from cyanobacterium Nostoc sp.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ap5
タイトルCrystal structure of phycoerythrin from cyanobacterium Nostoc sp. WR13 contains multiple stacks of hexameric assemblies which resemble the rods of phycobilisome.
要素
  • Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
  • Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Allophycocyanin crystal structure Phycobilisome Phycobiliproteins Phycocyanobilin chromophore Light harvesting complex Cyanobacterium Nostoc sp. WR13
機能・相同性NITRATE ION / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / PHYCOERYTHROBILIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / dodecaethylene glycol monomethyl ether
機能・相同性情報
生物種Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.131 Å
データ登録者Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Madamwar, D. / Liu, H. / Gross, M.L. / Blankenship, R.E.
資金援助 米国, インド, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001035 (Office of Basic Energy Sciences) 米国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR15686/AAQ/3/811/2016 (UGC-BSR Faculty Fellowship) インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/IN/UK/DBT-BC/2017-18 (Newton-Bhabha fellowship) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal stacks of hexameric assemblies of phycoerythrin from cyanobacterium Nostoc sp. WR13 resemble rods of phycobilisome
著者: Patel, H.M. / Roszak, A.W. / Liu, H. / Gross, M.L. / Blankenship, R.E. / Madamwar, D. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
BBB: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
CCC: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
DDD: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
EEE: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
FFF: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
GGG: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
HHH: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
III: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
JJJ: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
KKK: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
LLL: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
MMM: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
NNN: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
OOO: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
PPP: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,846336
ポリマ－294,75016
非ポリマー61,096320
水24,5901365
1
AAA: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
BBB: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
CCC: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
DDD: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
EEE: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
FFF: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
GGG: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
HHH: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
III: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
JJJ: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
KKK: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
LLL: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
MMM: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
NNN: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
OOO: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
PPP: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
ヘテロ分子

AAA: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
BBB: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
CCC: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
DDD: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
EEE: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
FFF: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
GGG: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
HHH: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
III: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
JJJ: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
KKK: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
LLL: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
MMM: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
NNN: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
OOO: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
PPP: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
ヘテロ分子

AAA: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
BBB: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
CCC: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
DDD: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
EEE: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
FFF: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
GGG: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
HHH: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
III: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
JJJ: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
KKK: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
LLL: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
MMM: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
NNN: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
OOO: Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
PPP: Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,067,5381008
ポリマ－884,25148
非ポリマー183,287960
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)192.759, 192.759, 524.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-213-

PEG

21AAA-214-

PO4

31AAA-370-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains AAA CCC
22Chains AAA EEE
33Chains AAA GGG
44Chains AAA III
55Chains AAA KKK
66Chains AAA MMM
77Chains AAA OOO
88Chains BBB DDD
99Chains BBB FFF
1010Chains BBB HHH
1111Chains BBB JJJ
1212Chains BBB LLL
1313Chains BBB NNN
1414Chains BBB PPP
1515Chains CCC EEE
1616Chains CCC GGG
1717Chains CCC III
1818Chains CCC KKK
1919Chains CCC MMM
2020Chains CCC OOO
2121Chains DDD FFF
2222Chains DDD HHH
2323Chains DDD JJJ
2424Chains DDD LLL
2525Chains DDD NNN
2626Chains DDD PPP
2727Chains EEE GGG
2828Chains EEE III
2929Chains EEE KKK
3030Chains EEE MMM
3131Chains EEE OOO
3232Chains FFF HHH
3333Chains FFF JJJ
3434Chains FFF LLL
3535Chains FFF NNN
3636Chains FFF PPP
3737Chains GGG III
3838Chains GGG KKK
3939Chains GGG MMM
4040Chains GGG OOO
4141Chains HHH JJJ
4242Chains HHH LLL
4343Chains HHH NNN
4444Chains HHH PPP
4545Chains III KKK
4646Chains III MMM
4747Chains III OOO
4848Chains JJJ LLL
4949Chains JJJ NNN
5050Chains JJJ PPP
5151Chains KKK MMM
5252Chains KKK OOO
5353Chains LLL NNN
5454Chains LLL PPP
5555Chains MMM OOO
5656Chains NNN PPP

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
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44
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46
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49
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54
55
56

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要素

-
タンパク質 , 2種, 16分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKMMMOOOBBBDDDFFFHHHJJJLLLNNNPPP

#1: タンパク質
Alpha subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin


分子量: 17572.828 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
詳細: There are two phycoerythrobilin chromophore molecules (called PEB) in the alpha subunit of phycoerythrin. They are covalently bound to residues Cys82 (PEB166) and Cys139 (PEB167) of the alpha ...詳細: There are two phycoerythrobilin chromophore molecules (called PEB) in the alpha subunit of phycoerythrin. They are covalently bound to residues Cys82 (PEB166) and Cys139 (PEB167) of the alpha subunit, respectively.
由来: (天然) Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India
#2: タンパク質
Beta subunit of cyanobacterial protein phycoerythrin


分子量: 19270.975 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
詳細: There are three phycoerythrobilin chromophore molecules (called PEB) in the beta subunit of phycoerythrin. They are covalently bound to residues Cys80 (PEB186), Cys165 (PEB187) and ...詳細: There are three phycoerythrobilin chromophore molecules (called PEB) in the beta subunit of phycoerythrin. They are covalently bound to residues Cys80 (PEB186), Cys165 (PEB187) and Cys48/Cys59 (PEB188) of the beta subunit.
由来: (天然) Nostoc sp. WR13 (バクテリア)
Plasmid details: From the desert Rann of Kachchh (RoK), Gujarat, India

-
非ポリマー , 14種, 1685分子

#3: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物...
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物...
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#9: 化合物 ChemComp-RWB / dodecaethylene glycol monomethyl ether / PEG-MME fragment n=12;polyethylene glycol monomethyl ether fragment n=12;PEG 550 MME / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-ドデカオキサヘプタトリアコンタン-1-オ-ル


分子量: 560.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H52O13
#10: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#11: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 化合物
ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#14: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#15: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.09 % / 解説: Rhombic Pink colour
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus screen condition C9: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550 precipitants; 0.03 M NPS (Nitrate, Phosphate & Sulfate) mix of additives; 0.01 M bicine/Trizma base pH 8.5 buffer system

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→159.07 Å / Num. obs: 156067 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.283 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.298 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.133→2.322 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 1.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7805 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.567 / Rrim(I) all: 1.749 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSJan 26, 2018 BUILT=20180808data processing
pointless1.11.14データスケーリング
Aimless0.7.2データスケーリング
STARANISO1.10.15 (3-May-2018)データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NB4

5nb4


解像度: 2.131→49.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.208 / WRfactor Rwork: 0.167 / SU B: 13.226 / SU ML: 0.164 / Average fsc free: 0.9071 / Average fsc work: 0.9199 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 7765 4.976 %
Rwork0.1774 148297 -
all0.18 --
obs-156062 75.005 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.045 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.131→49.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20592 0 4153 1365 26110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
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LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
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2.46-2.5460.2756250.233118500.235131960.8540.86294.53620.221
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3.365-3.5960.194550.13991270.14295820.9540.9641000.123
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4.25-4.7470.1733750.12871170.13174930.9650.97499.98670.121
4.747-5.4730.1793430.14662970.14866410.9620.96999.98490.137
5.473-6.6820.2312790.19953660.256450.9410.9441000.182
6.682-9.3630.2392230.23442160.23444430.9430.94599.910.233
9.363-49.0050.361350.33724960.33826410.8870.89499.62140.375
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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20.0576-0.0809-0.03970.199-0.00320.07460.0166-0.0086-0.01270.0068-0.00770.0321-0.03210.0332-0.00890.0443-0.01350.01210.0493-0.01230.021125.5784128.7858104.5703
30.0568-0.05110.05790.0627-0.01660.19470.00720.0031-0.0167-0.00080.00170.0226-0.01570.0718-0.00890.0241-0.02660.00280.0795-0.01310.01238.227119.8717136.2864
40.1296-0.03570.02690.0104-0.00360.14210.00370.0199-0.0367-0.0052-0.00830.0084-0.04960.01750.00470.0558-0.01050.0110.04240.00190.021410.4415140.2018125.1872
50.4346-0.2484-0.15540.19750.0580.2318-0.02050.00730.01540.00440.034-0.0065-0.06210.0035-0.01350.0627-0.0194-0.00030.0310.00060.00177.569149.5942148.901
60.0548-0.0675-0.02190.2433-0.07210.0883-0.0091-0.0157-0.00810.03770.01880.0267-0.0240.0425-0.00970.0335-0.0188-0.00160.0753-0.00440.007228.8727122.0441159.9561
70.028-0.0865-0.01020.34580.09920.23920.009-0.0105-0.002-0.0102-0.00940.01160.01740.06810.00040.0095-0.011-0.0040.08650.0020.015938.9302109.9418191.1506
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150.23850.21120.04731.3005-0.40050.21490.0263-0.1261-0.08280.1433-0.0169-0.11020-0.0368-0.00940.07550.033-0.02330.09780.03450.031734.211991.4617301.2189
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1 - 999
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB1 - 999
3X-RAY DIFFRACTION3ALLCCC1 - 999
4X-RAY DIFFRACTION4ALLDDD1 - 999
5X-RAY DIFFRACTION5ALLEEE1 - 999
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7X-RAY DIFFRACTION7ALLGGG1 - 999
8X-RAY DIFFRACTION8ALLHHH1 - 999
9X-RAY DIFFRACTION9ALLIII1 - 999
10X-RAY DIFFRACTION10ALLJJJ1 - 999
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12X-RAY DIFFRACTION12ALLLLL1 - 999
13X-RAY DIFFRACTION13ALLMMM1 - 999
14X-RAY DIFFRACTION14ALLNNN1 - 999
15X-RAY DIFFRACTION15ALLOOO1 - 999
16X-RAY DIFFRACTION16ALLPPP1 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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