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- PDB-7ao7: Structure of CYP153A from Polaromonas sp. in complex with octan-1-ol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ao7
タイトルStructure of CYP153A from Polaromonas sp. in complex with octan-1-ol
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / heme / CYP / cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OCTAN-1-OL / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Polaromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Zukic, E. / Rowlinson, B. / Sharma, M. / Hoffmann, S. / Hauer, B. / Grogan, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M006832/1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Substrate Anchoring and Flexibility Reduction in CYP153AM.aq Leads to Highly Improved Efficiency toward Octanoic Acid
著者: Rapp, L.R. / Marques, S.M. / Zukic, E. / Rowlinson, B. / Sharma, M. / Grogan, G. / Damborsky, J. / Hauer, B.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
C: Cytochrome P450
D: Cytochrome P450
E: Cytochrome P450
F: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,59217
ポリマ－285,2426
非ポリマー4,35011
水6,521362
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2873
ポリマ－47,5401
非ポリマー7472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2873
ポリマ－47,5401
非ポリマー7472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2873
ポリマ－47,5401
非ポリマー7472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2873
ポリマ－47,5401
非ポリマー7472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2873
ポリマ－47,5401
非ポリマー7472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1572
ポリマ－47,5401
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.503, 116.194, 288.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALAAA18 - 41818 - 418
21ALAALAALAALABB18 - 41818 - 418
12ALAALAALAALAAA18 - 41818 - 418
22ALAALAALAALACC18 - 41818 - 418
13ALAALAALAALAAA18 - 41818 - 418
23ALAALAALAALADD18 - 41818 - 418
14ALAALAALAALAAA18 - 41818 - 418
24ALAALAALAALAEE18 - 41818 - 418
15PROPROASNASNAA20 - 41720 - 417
25PROPROASNASNFF20 - 41720 - 417
16ALAALAALAALABB18 - 41818 - 418
26ALAALAALAALACC18 - 41818 - 418
17ALAALAALAALABB16 - 41816 - 418
27ALAALAALAALADD16 - 41816 - 418
18TYRTYRALAALABB17 - 41817 - 418
28TYRTYRALAALAEE17 - 41817 - 418
19PROPROILEILEBB20 - 41620 - 416
29PROPROILEILEFF20 - 41620 - 416
110ALAALAALAALACC18 - 41818 - 418
210ALAALAALAALADD18 - 41818 - 418
111ALAALAALAALACC18 - 41818 - 418
211ALAALAALAALAEE18 - 41818 - 418
112PROPROASNASNCC20 - 41720 - 417
212PROPROASNASNFF20 - 41720 - 417
113TYRTYRALAALADD17 - 41817 - 418
213TYRTYRALAALAEE17 - 41817 - 418
114PROPROASNASNDD20 - 41720 - 417
214PROPROASNASNFF20 - 41720 - 417
115PROPROASNASNEE20 - 41720 - 417
215PROPROASNASNFF20 - 41720 - 417

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450


分子量: 47540.301 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Polaromonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: Bpro_5301 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q11ZY2
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-OC9 / OCTAN-1-OL / オクタノ-ル


分子量: 130.228 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→45.17 Å / Num. obs: 80491 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4553 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.62 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ANT

7ant


解像度: 2.55→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 12.932 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 5.466 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 4029 5 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.2072 76372 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131 Å2 / Biso mean: 44.634 Å2 / Biso min: 6.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å20 Å20 Å2
2--2.64 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18383 0 303 362 19048
Biso mean--31.53 36.51 -
残基数----2388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01319168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01717497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.6726208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.58840310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.50652375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.21921.376952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.673152956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.17515146
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0221570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.024121
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A117810.11
12B117810.11
21A121540.1
22C121540.1
31A118170.11
32D118170.11
41A125610.08
42E125610.08
51A113980.11
52F113980.11
61B116050.12
62C116050.12
71B123010.1
72D123010.1
81B119850.1
82E119850.1
91B116480.09
92F116480.09
101C117720.12
102D117720.12
111C123480.1
112E123480.1
121C112600.12
122F112600.12
131D122340.1
132E122340.1
141D117370.1
142F117370.1
151E115080.11
152F115080.11
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 304 -
Rwork0.3 5592 -
all-5896 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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